Ho un problema con un complesso proteico. Il complesso lega il DNA (anche se non so ancora come e dove) e nella purificazione da E.coli ho il sospetto che parte del DNA batterico rimanga nel campione. Dalla determinazione della concentrazione al Nanodrop, ottengo un rapporto 260/280 = 0.7. Qalcuno di voi sa se posso capire qualcosa da questo rapporto? Come dev'essere il rapporto per un campione proteico privo di DNA?
A 260/280 serve per verificare una possibile contaminazione di acidi nucleici da proteine. il valore critico è 1,8 per il DNA e 2 per l'RNA (cioè, se ottiene valori minori di 1,8 significa che c'è contaminazione; se ottieni 1,8 significa che il tuo campione di DNA è puro). Un campione proteico puro ha invece un A260/280 = 0,57.
Nel tuo caso quindi hai una piccola contaminazione da DNA. Considera che A260/280=1,06 significa una contaminazione da DNA di circa il 5%, cioè il campione presenta il 95% di proteine e il 5% di DNA