Analisi bioinformatica di una sequenza proteica....

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laviadellavirtu
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51 Messaggi

Inserito il - 21 aprile 2011 : 18:57:21

CIAO A TUtti ragazzi e ragazze...
mi serve il vostro aiuto....
si tratta di una ricerca in banca dati...
devo riportare tante piu informazioni possibili usando tutti i programmi possibili che ci sono...
chi si vuole mettere alla prova???
mi darebbe una grande mano...
aspettando una vostra risposta...una bellissima serata,
la via della virtu...

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/ZP_03028091

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 21 aprile 2011 : 22:54:24

Citazione:

chi si vuole mettere alla prova???

Mmm...direi: tu

!
Nel senso, tu prova, facci sapere tutte le informazioni che trovi e noi ti diciamo quali mancano e come trovarle.

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

laviadellavirtu
Nuovo Arrivato

51 Messaggi

Inserito il - 21 aprile 2011 : 23:36:50

ok domi!!!! ti faccio sapere presto!! molto gentile...

laviadellavirtu
Nuovo Arrivato

51 Messaggi

Inserito il - 21 aprile 2011 : 23:47:37

ok questo quello che ho ricavato...
ho la mia sequenza proteica...

>gi|191166258|ref|ZP_03028091.1| PilM [Escherichia coli B7A]
MGWVTGFIMVIMAIGNFWFHSHLSRTVHHQQTAEITQQAADFIRYMNAINDYLYQHPERRAAGGQLTSAQ
LGLPATKNVSHLISQQRVFVWAKEKPGLMGALLEQSGDSALLARVENGRLLDTHGRRISITLPAVIPDQV
IIWMN

vado in protparma la sottometto e scopro massa molecolare p.I coefficente estinsiono molare e percentiale a.a...
e fino a qua ci siamo...

voglio conoscere la sequenza genica e dove si trova nel genoma...come faccio????
voglio conoscere la funzione della proteina...ma � possibile ke nn c'�??? il genoma di coli � tutto squenziato...

voglio conoscere i domini della proteina...se lega qualkosa etc....

con blastp posso trovare sequenze omologhe ok lo faccio...e come si procede dopo? cio� trovo delle proteine somiglianti con significarivita al di sotto di 10^-5 quindi probabili che sono omologhe...per conoscere la funzione di queste proteine??? per poi affiancare la funzione alla nostra proteina???

con algoritmo phiblast posso trovarmi le somiglianze piu lontane � vero...e allora sottometto la sequenza..trovo le mie proteine...seleziono solo quelle significative e faccio prima iterazione ....trovo delle nuove proteine che prima nn c'erano perk� ho esteso la ricerca chiaramente...e quindi magari ho trovato delle proteine che hanno stessi moduli stessi siti...
ma continuando con la iterazione mi allontano dalla significatviita...
ma magari mantengono la stessa struttura....come faccio a capirlo?? mi dareste una manO?????

laviadellavirtu
Nuovo Arrivato

51 Messaggi

Inserito il - 21 aprile 2011 : 23:51:36

Inoltre voglio costruitre un albero filogenetico...ma quali organismi devo scegliere???
si usa clustal x per allineamento multipo...ok e allora mi scelgo tutte le sequenze omologhe...ma vedo dopo ricerca in blast che le prime 10- 15 sono tutte di coli...nn devo scegliere queste ovviamente penso giusto?? e allora quali??....poi si allinea...poi genedoc per visualizzare l'allineamento e posso vedere se ci sono aa conservati...ok � vero...ma su quali mi dovrei concentrare...infine
three viw per visualizzazre l'albero...

come vedete le basi ci sono...mi mancano per alucni indizi...
aiutooooooooooooooooooooooooooooooooooo

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 22 aprile 2011 : 10:58:39

Una cosa alla volta

Cercare la proteina su Uniprot ad esempio ti da alcune delle info che cerchi.
http://www.uniprot.org/uniprot/B3HBB7
Prova a guardare sotto la voce "Cross-references"
Quali altre informazioni ti d�?!

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

laviadellavirtu
Nuovo Arrivato

51 Messaggi

Inserito il - 22 aprile 2011 : 11:51:50

Vedo che te ne intendi...grazie DOMI...
si Uniprot mi ha dato un po di risposte...
e invece per la ricerca di omologia? sai aiutarmi?

e poi se puoi dare un'okkiata alle domande che ho scritto prima...ma la maggior parte delle risposte le ho trovate su uniprot...

grazie

laviadellavirtu
Nuovo Arrivato

51 Messaggi

Inserito il - 22 aprile 2011 : 11:58:50

e se puoi analizzare questi risultati....
su signalip...sito che ti dice se � presente il peptide segnale o no in una proteina....
guarda il risultato....
posso dire che c'�???

http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface?jobid=signalp,4DB1507C00936324&opt=none

la linea verde � la linea del peptide segnale che scende all'amminoacido numero 29...e in effetti un peptide segnale di 29 aa potrebbe starci...ma la linea di taglio....quella rossa....nn � evidente...

che ne pensi?

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 22 aprile 2011 : 12:15:26

Scusa, non ho molto tempo ora, ho dato un'occhiata veloce.
Attento per� i peptidi segnale sono eucariotici, mentre la tua proteina non lo �...

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

laviadellavirtu
Nuovo Arrivato

51 Messaggi

Inserito il - 22 aprile 2011 : 12:32:49

e certo...procariote...no modiche posttraduzionali...
pero' a volte il peptide segnale � anche un segnale per l'indirizzamento al nucleo o quant'altro...
cmq nn preoccuparti....
quando puoi e se puoi..dai un'okkiata alle kose che ho scritto...
molto gentile....
e scusami ma a quanto pare nessun altro a si intende di bioinformatica

laviadellavirtu
Nuovo Arrivato

51 Messaggi

Inserito il - 25 aprile 2011 : 18:52:23

nessuno che mi aiuta :-(

elisacarli
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83 Messaggi

Inserito il - 26 aprile 2011 : 17:25:32

Qui trovi la sequenza genica

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/191166216?from=49417&to=49854&report=gbwithparts

dominio conservato
PilM superfamily
http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF07419.6#tabview=tab0
e
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi?RID=VDRZY9WC015&mode=all

costruzione albero.
fai 2-3 iterazioni con PSIBlast
fai il download di tutte le seq trovate in formato fasta.
controllale tutte accuratemente e cerca di eliminare quelle predette e quelle ripetute,
che possono avere nomi leggermente diversi

Allinea con muscle

Costruisci l'albero con Phyml o Phylip (massima verosimiglianza)

per inferire sulla funzione prova a fare un'analisi filogenomica
http://phylogenomics.berkeley.edu/cgi-bin/phylobuild/input_phylobuild.py

guarda in quale famiglia di omologhe te la colloca l'analisi

elisacarli
Nuovo Arrivato

83 Messaggi

Inserito il - 27 aprile 2011 : 08:38:17

Rettifico...
Devi selezionare solo le sequenze con grado di omologia al di sotto di 10^-5
Possono essere anche della stessa sepcie a seconda se vui inferire relazioni parologhe o ortologhe

laviadellavirtu
Nuovo Arrivato

51 Messaggi

Inserito il - 07 giugno 2011 : 09:55:55

Qualtre altra informazione ? sapete aiutarmi?

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