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cry87
Utente Junior
Città: milano
127 Messaggi |
 Inserito il - 10 maggio 2011 : 21:11:54
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Ciao,mi spiegate la differenza tra un dna covalentemente chiuso e un superavvolto? come migrano nell'elettroforesi?
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 10 maggio 2011 : 21:24:50
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Se prendi il caso dei plasmidi, il DNA deve essere covalentemente chiuso (cccDNA, DNA circolare covalentemente chiuso) per poter trovarsi superavvolto, il contrario invece non è affatto detto. Ossia puoi sottoavvolgere il cccDNA sino a fargli raggiungere uno stato rilassato. Nel caso degli eucarioti si tratta invece di anse di DNA superavvolto, fissate a scaffold proteici nucleari.
Ritornando ai plasmidi: come varia la migrazione in elettroforesi nei due casi? In entrambi saranno chiusi, ma il DNA superavvolto migrerà più velocemente in quanto più compatto, il cccDNA rilassato invece, immaginalo come un elastico, incontrerà un maggiore attrito perché più ingombrante. |
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 10 maggio 2011 : 22:39:14
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| Scusate se mi inserisco nel topic, ma se un DNA, lineare magari (con estremità impedite nella rotazione), risulta superavvolto negativamente, significa che avrà meno di 10 basi per giro d'elica giusto? Ma questo cosa comporta a livello dell'asse locale della molecola? Cioè, so che in caso di superavvolgimento positivo si ha un effetto a mo di elastico in sovratorsione, ma per il superavvolgimento negativo accade la stessa cosa? Oppure le due eliche semplicemente tenderebbero a linearizzare e infine a denaturarsi? |
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SpemannOrganizer
Utente
Città: Los Angeles
955 Messaggi |
Inserito il - 11 maggio 2011 : 11:09:53
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| buona la seconda, cioè nel caso di superavvolgimento negativo i due strand cominciano a denaturarsi (si "spaiano" l'uno dall'altro). |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 14 maggio 2011 : 13:01:01
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| Grazie della risposta, sembrava anche a me la più logica e intuitiva. Ora però mentre studiavo alcune tecniche di biologia molecolare, ho notato che viene spiegato che un frammento di DNA supercoiled negativamente corre più velocemente in elettroforesi in gel d'agarosio delle sue controparti trattate con una topoisomerasi di tipo 1 (che a quanto scritto, rilasserebbe di un avvolgimento alla volta la doppia elica superavvolta negativamente). A me pare un po' un controsenso, se il DNA supercoiled negativamente è più vicino allo stato denaturato, non dovrebbe essere più linearizzato e lento in elettroforesi? |
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SpemannOrganizer
Utente
Città: Los Angeles
955 Messaggi |
Inserito il - 15 maggio 2011 : 09:48:23
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| sicuro che non parli di DNA circolare? |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 15 maggio 2011 : 12:57:12
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Allora ho trovato l'immagine, è esattamente questa:
Sul mio libro (il gene X) mette la seguente didascalia (tradotta da me, spero vi fidiate):
DNAs superavvolti separati in elett. in gel d'agarosio. La corsia 1 contiene DNA superavvolto negativamente non trattato (banda in basso). Le corsie 2 e 3 contengono lo stesso DNA che è stato trattato con una topoisomerasi di tipo 1 per rispettivamente 5 e 30 minuti. L'enzima provoca la rottura di una singola emielica nel DNA e rilassa i superavv. negativi in singoli passi (un superavv. rilassato per filamento rotto e riformato).
Poi su internet ho trovato quest'altra immagine:
E se riuscite a leggere la didascalia qui sembra parli di tutt'altro, cioè innanzitutto è DNA batterico circolare, inoltre parla di topoisomerasi II che rompe e risalda 2 emieliche alla volta (mentre nel libro è una topoisomerasi di tipo 1).
Allora come stanno le cose? Io ho pensato che il disegno accanto all'ultima foto non c'entri nulla con l'elettroforesi in sé ne col trattamento con la topois. di tipo 1, ma faccia solo vedere come viene superavv. negativamente il DNA nella cellula batterica. Mentre poi il trattamento con la topisomerasi 1 (fatto artificialmente) avvenga solo prima dell'elettroforesi mostrata e su DNA circolarizzati del tipo di quello mostrato nell'ultima figura...
Ma quindi se il DNA è cicolare, e viene superavv. negativamente va ad assumere quel grado di compattamento? |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 16 maggio 2011 : 11:03:06
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Qualche parere? 
Vorrei venire a capo della faccenda  |
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SpemannOrganizer
Utente
Città: Los Angeles
955 Messaggi |
Inserito il - 16 maggio 2011 : 13:56:26
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| Ma Certo!anche se avvolto negativamente,il dna è sempre circolare e quindi si riorganizza nella struttura compatta che vedi,perché è energicamente favorita. Ciò che cambia da quello avvolto positivo è l'orientamento del superavvolgimento. |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 16 maggio 2011 : 15:00:04
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| Perfetto, grazie. Quindi per denaturare completamente un DNA circolare almeno uno dei due filamenti dev'essere rotto in modo permanente durante il melting. |
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SpemannOrganizer
Utente
Città: Los Angeles
955 Messaggi |
Inserito il - 17 maggio 2011 : 12:00:38
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| beh, direi proprio di sì. |
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Discussione |
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dna supercoiled e covalentemente chiuso
Didattica
