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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
 Inserito il - 31 ottobre 2006 : 18:18:41
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Ciao a tutti!!
Ci sono proteine che sono evolutivamente correlate: rispettivi geni sembrano chiaramente risultato di duplicazioni,son nello stesso locus del cromosoma e le funzioni delle proteine sono analoghe.
Ma...una volta fatto un blast delle sequenze di aa si vede che nn c’e’ nessuna correlazione.
Ora,io ho fatto un semplice pBLAST perche’ nn conosco altro,ma leggendo il libretto che ho in mano ora,esiste un diagramma (Taylor Venn) che raggruppa gli aa sulla base delle proprieta’ chimico fisiche conservate.Ad es.sostituzione di D con E,l’aa e’ diverso ma entrambi son acidi.Queste sostituzioni nn dovrebbero causare cambiamenti confromazionali e quindi funzionali.
Ora correggete pure o aggiungete dettagli o spiegazioni su cio’ che ho appena scritto,purtroppo nn son bioinfo...
Ma la domanda e’ la seguente:esiste un blast o qualcosa di simile che faccia un allineamento in base a questo concetto piu’ che allineare lettera per lettera?cioe’ considerando le proprieta’ degli aa (ingombro sterico,pI,..) e nn il nome solamente?
Grazie mille a tutti quelli che possono contribuire a fare un po’ di luce in questo panorama buio ma interessante della bioinfo...
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2006 : 22:26:02
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hola,
ricorda che Blast è un programma di allineamento euristico, e come tale non è detto che i risultati che fornisce siano esattamente quelli più corretti, ma solo una loro approssimazione.
Blast è un tool che è stato ideato per vedere se una sequenza è presente in un genoma o in un database oppure per trovare omologhi.
Se però hai già a disposizioone due sequenze da confrontare ti conviene utilizzare un programma di allineamento non euristico, oppure impostare nei parametri il valore di D-Word a 1.
Dovrebbe andare bene LALIGN (http://www.ch.embnet.org/software/LALIGN_form.html): ti conviene provare sia l'allineamento globale, che quello locale che ti dà informazioni su domini o sottesequenze conservate.
Poi sulla storia delle proprietà chimico fisiche, dovrebbero essere già incorporate nelle matrici di sostituzioni (PAM e BLOSUM): definire dei vincoli chimico-fisici efficaci sarebbe troppo difficile e quindi si preferisce calcolarli empiricamente, cioè con le matrici.
Oppure potresti tentare un allineamento strutturale (sulla strutt. secondaria): ti rimando alla pagina di wikipedia che spiega in maniera abbastanza efficacia come fare. Forse ti può essere utile anche http://www.answers.com/topic/sequence-alignment-software
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 01 novembre 2006 : 10:05:06
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iiiii...bellliiii!!!muchas gracias!!!! |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 01 novembre 2006 : 13:52:30
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| De nada ;) |
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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