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sarasara88
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
 Inserito il - 16 giugno 2011 : 11:44:13
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Buongiorno a tutti, sono una studentessa della facoltà di scienze statistiche che sta preparando la tesi sui microarray e devo condurre un'analisi statistica, per farlo sto usando matlab ma ho un problema: quando utilizzo la funzione getgeodata per ottenere i dati dal web o qualsiasi altra funzione relativa i microarray...non mi riconosce la funzione!!! Credo sia un problema del Bioinformatics toolbox, devo scaricarlo a parte? come funziona? qualcuno saprebbe darmi un consgilio?
In realtà all'inizio avevo pensato di usare R:
>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("hgu133a.db")
>library(affy)
>mydata <- ReadAffy()
>eset <- rma(mydata)
>myaffyids <- probeNames(mydata)
>geni= c(...)
>campione=exprs(eset)[geni, ]
però anche qui il problema che mi sorgeva e a cui il mio relatore non ha saputo dare risposta è che estrando il campione, questo non è più considerato oggetto della classe Affybatch e quindi non potrei continuare a condurre le analisi con R come se fosse un oggetto della suddetta classe.
Se volessi usare R, che è il software che preferirei usare, coem potrei rimediare a questo problema?
C'è un modo per trasformare "campione" in un oggetto AffyBatch? o ovviare in altro modo?
Grazie!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 16 giugno 2011 : 18:53:20
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| Mai usato AffyBatch, ma posso dirti che il bioinformatics toolbox è a pagamento (e i toolbox matlab sono piuttosto costosi) |
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sarasara88
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 16 giugno 2011 : 19:06:26
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Mai usato AffyBatch, ma posso dirti che il bioinformatics toolbox è a pagamento (e i toolbox matlab sono piuttosto costosi)
Non hai mai usato Affybatch o in generale R? Sai consigliarmi altro nel caso usassi R? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 16 giugno 2011 : 19:23:54
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R lo uso giornalmente :) ma non ho mai fatto analisi di microarray.
So che i packages di bioconductor sono fra i più usati a riguardo... ma non ti so aiutare nello specifico sorry |
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sarasara88
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 16 giugno 2011 : 19:33:23
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infatti immaginavo...ma il mio relatore ne sa meno di te, quindi nada de nada!
Grazie lo stesso!  |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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serbring
Utente Junior
486 Messaggi |
Inserito il - 17 giugno 2011 : 14:27:20
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ciao,
prova a scrivere ver e vedi se trovi quel toolbox, magari nn è ben installato, a me è capitato.
se sai usare bene Matlab e non vuoi stare ad impararti nuovi sw, ti consiglio di cercare in questo link:
http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/
scrivi la funzione di cui hai bisogno e magari qualcuno, ha creato la funzione di cui hai bisogno
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serbring
Utente Junior
486 Messaggi |
Inserito il - 17 giugno 2011 : 14:29:15
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Altra cosa, per te che sei una studentessa un toolbox di matlab costa solo 29€.:)
ciao |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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serbring
Utente Junior
486 Messaggi |
Inserito il - 17 giugno 2011 : 18:26:37
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Ah, non sapevo avessero prezzi studenti! Interessante!
diciamo che per studenti o per didattica matlab tutto full costa meno di 1000€. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 17 giugno 2011 : 18:36:14
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| Insomma, 1000 euro per uno studente non sono pochi, soprattutto contando che esistono due alternative free and open source equivalenti (se non migliori, ma quelli sono gusti): R e SciLab |
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serbring
Utente Junior
486 Messaggi |
Inserito il - 19 giugno 2011 : 18:02:15
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Insomma, 1000 euro per uno studente non sono pochi, soprattutto contando che esistono due alternative free and open source equivalenti (se non migliori, ma quelli sono gusti): R e SciLab
però non penso che uno studente abbia bisogno di tutti i toolbox. Io ho usato solo 6 toolbox...quindi un po' meno di 500€. Cmq in molte uni gli studenti possono scaricare matlab gratis, è una licenza annuale che uno può tenere per ogni ogni anno che uno iscritto all'uni |
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