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Discussione

albertos
Nuovo Arrivato

Prov.: livorno
Citt�: livorno

26 Messaggi

Inserito il - 02 novembre 2006 : 01:33:37

Ci sono dei chip a DNA che vengono utilizzati per analisi di espressioni nei vari tessuti, cio� per vedere nei diversi tessuti che geni vengono espressi e in che quantit�.
Perci� vengono legati nel chip migliaia di mRNA ognuno che rappresenta un gene differente ed ognuno in diverse migliaia di copie. Quindi in ogni singolo minuscolo quadrettino avremmo migliaia di copie di RNA di uno stesso gene, e nel complesso in differenti quadrettini migliaia di copie di diversi geni.
E' una curiosit� che ho da tempo, ma come caspita si fa a produrre cosi tanti mRNA da legare al chip??????
Grazie anticipatamenteeee

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 02 novembre 2006 : 02:20:03

Effettivamentte i microarray sono una tecnologia piuttosto costosa.
Per fortuna, per ragioni statistiche non e' necessario ibridizzare un cDNA intero, ma bastano sequenze di almeno 20 basi.
Poi ci sono varie tecnologie, che vanno dall'utilizzare delle EST ottenute dagli mRNA alla sintesi diretta delle sonde sulla superficie del chip.
-> http://it.wikipedia.org/wiki/Microarray
ciao! ;)

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 02 novembre 2006 : 02:44:24

Conta che alcuni metodi di sintesi su chip, come la fotolitografia sono completamente robotizzati, non sono cose che vengono fatte manualmente.

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bluevil
Nuovo Arrivato

17 Messaggi

Inserito il - 02 novembre 2006 : 21:14:03

Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Conta che alcuni metodi di sintesi su chip, come la fotolitografia sono completamente robotizzati, non sono cose che vengono fatte manualmente.

esatto,
i chip usati per i processi di assemblaggio partono da un wafer

http://www.affymetrix.com/corporate/outreach/lesson_plan/downloads/slides/wafer_manufacturing_1.pdf
http://www.affymetrix.com/corporate/outreach/lesson_plan/downloads/slides/masks.pdf

e poi "mascherano" e "incidono" con metodi assai simili a quelli usati nelle Fab taiwanesi di AMD, Intel o IBM.
Se vuoi + info ti consiglio di dare un'occhiata al repository di affymetrix...davvero eccellente!

http://www.affymetrix.com/support/technical/technotes/manufacturing_quality_technote.pdf

A livello industriale la produzione di una linea di chip presenta diversi problemi produttivi la cui ottimizzazione pu� arrivare al punto richiedere l'impiego di algoritmi di ricerca a gradiente, ricottura simulata o anche algoritmi genetici!
Giusto per intenderci:

http://gi.cebitec.uni-bielefeld.de/teaching/2005winter/microarraydesign

Ciao