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a.diana
Nuovo Arrivato
16 Messaggi |
 Inserito il - 19 giugno 2011 : 16:44:28
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ciao a tutti
qualcuno potrebbe aiutarmi non sul funzionamento generale della ms ma sulla ms tandem neutral loss mrm e precursor ion scan.......help!!!!!!1
grazieeee
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 20 giugno 2011 : 14:01:16
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Bellissima la massa!
Allora:
- Neutral Loss: in questo caso ti interessa verificare la presenza di una certa modificazione post-traduzionale che in seguito a frammentazione con CID tende ad essere preferenzialmente eliminata dalla molecola, mantenendo la carica della stessa inalterata (ossia m/z varierà solo per la variazione di massa, ossia il frammento espulso dalla molecola proteica avrà carica netta pari a zero).
Prendi il caso di un QqQ, un triplo quadrupolo, in cui Q1 funziona in modalità scansione, Q2 come cella di collisione in cui avviene la frammentazione, Q3 invece agirà da filtro, sarà cioè impostato su un certo valore di m/z, ma vedremo tra un attimo come.
La modificazione di tuo interesse è una fosforilazione e sai inoltre che il fosfato viene perso come acido fosforico (neutro).
Effettui una scansione sul tuo campione in Q1, a turno cioè un diverso ione precursore con una propria m/z entrerà in Q2, qui impatterà con velocità controllata sugli atomi di Argon, Elio o sulle molecole di azoto ivi contenute e tenderà a frammentarsi, preferenzialmente rompendosi a livello del legame con la mod. post-trad. Ovviamente si formeranno altri ioni figli, in cui cioè la frammentazione è avvenuta su altri legami. Come ogni buona cella di collisione, il Q2 stabilizzerà tutti gli ioni figli, inviandoli al Q3.
Al Q3 tocca discernere i frammenti, eventualmente presenti, originatisi per perdita dallo ione precursore dell'acido fosforico. Dal momento che la strumentazione è a conoscenza del m/z dello ione precursore entrato in Q2 (e lo sa perché è in grado di sapere ad ogni determinato momento quale m/z è stabilizzato dal Q1), il Q3 stabilizzerà soltanto gli ioni frammento che possiedono un valore compatibile con la perdita di un acido fosforico. Ti aiuto nella comprensione con un esempio:
poniamo che il tuo peptide abbia massa 1000 e carica +1. Il suo m/z sarà dunque 1001.
In seguito a frammentazione con neutral loss, perderà un acido fosforico, che mi pare pesi 98. Il Q3, a conoscenza del m/z del precursore e della sua carica, sarà fisso, fungendo da filtro, ad un valore impostato a 1001-98=903. Nel caso in cui il segnale arrivi al detector, significa che il precursore era effettivamente fosforilato.
Nota, se invece hai a che fare con un peptide bicarico (più plausibile), dovrai tenere presente che la perdita di m/z non sarà 98, ma 49 (98 : 2), se tricarico (altrettanto probabile) la perdita sarà di ( 98 : 3) e così via.
- Product Ion Scan A questo punto puoi pensare di effettuare un secondo esperimento, in cui mantieni il Q1 fisso a 1001, di modo tale da isolare in Q2 lo ione fosforilato, questo frammentarlo sempre in Q2 ed effettuare una scansione in Q3 su tutti gli ioni frammento così che tu possa con un MS fingerprinting identificare il peptide soggetto a fosforilazione nel tuo campione.
- Precursor Ion Scan : te lo spiego tra un paio d'ore, adesso purtroppo ho da sbrigare alcune faccende e la trattazione mi ruberebbe un po' di tempo. |
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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a.diana
Nuovo Arrivato
16 Messaggi |
Inserito il - 20 giugno 2011 : 23:04:35
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wau.....grazie!!!!!!!!!!!
quindi se ho capito bene(xke a me la spettrometria nn piace a fatto!)
la prof.la tandem l ha spiegata x lo studio di malattie metaboliche come la fenilchetonuria
neutral loss sca precursor ion scan e m.r.m sono tre modalità operative e nello screening delle malattie metab. vengono applicati tutti e tre!
neutral loss scan....imposto il mio analizzatore con un determinato rapporto m/z e mi analizzerà solo gli ioni che perdono 102da come frammento......(nel caso della fenilketonuria)
precursor ion scan(negli appunti ho scritto ke...)gli esteri butilici delle acetilcarnitine si frammentano cn un m/z=85
m.r.m so soltano che serve x gli aminoacidi basici!!!!!
....ho l esame domani...povera me...
thanks
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 20 giugno 2011 : 23:26:33
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Guarda, io l'ho studiato ad un buon livello di approfondimento, ma sempre da un punto di vista di ricerca, piuttosto che diagnostico, perciò non posso esserti d'aiuto per certe precisazioni. D'altronde, nell'approccio più di ricerca, ti interessa qualcosa che non conosci, nell'ambito diagnostico conosci già ciò che vuoi valutare.
Tuttavia prova a darti un'occhiata anche a questo link, in particolare ai tre pannelli (i tre disegni) iniziali, sono molto esplicativi: http://www.chm.bris.ac.uk/ms/theory/tandem-ms.html
PS: In bocca al lupo |
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a.diana
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16 Messaggi |
Inserito il - 21 giugno 2011 : 08:47:25
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grazie.......ora mi resta sl m.r.m.....
a qst punto devo solo sperare ke non me lo kieda...xke non ho trovato niente di interessante a riguardo
cmq grazie e soprattutto CREPI!!!! |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 21 giugno 2011 : 09:36:45
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Caspita, mi ero perso il fatto che ti mancasse il senso del Multiple reaction monitoring .
Effettivamente questa credo sia una tra le metodiche più utili in ambito diagnostico. Brevemente, vale lo schema citato precedentemente, cioè triplo quadrupolo. Questa volta, però, Q1 funge da filtro selettivo, ossia invia al Q2, cella di collisione, peptidi ad un unico m/z, scelto dallo sperimentatore. Q2 frammenta e gli ioni figli sono inviati al Q3. Il Q3 si comporta ugualmente da filtro selettivo, lasciando giungere al detector solo quei frammenti con un preciso m/z, nuovamente impostato dall'operatore.
Questo approccio è utilissimo in diagnostica per poter rilevare la presenza di determinati marker di cui si conosce:
i) l' m/z che acquisiscono in seguito alla ionizzazione (selezione nel Q1);
ii) uno ione figlio caratteristico della frammentazione, cioè che tende a formarsi nella cella di collisione, caratterizzato da un certo m/z.
In questo modo infatti puoi notevolmente aumentare la confidenza della tua rilevazione, dal momento che il marker è rilevato attraverso due processi diversi, ossia mediante una prima selezione sul suo m/z (che di per sé non ha una specificità assoluta, dal momento che può benissimo accadere che due diversi peptidi assumano lo stesso m/z in seguito all'entrata in uno spettrometro) a cui si aggiunge un secondo step, nel quale viene isolato e portato al detector un frammento caratteristico dello ione madre, avente un certo m/z.
La probabilità che perciò lo ione figlio che giunge al detector provenga da un altro peptide è molto più bassa.
In campo proteomico, come in analisi globali e comparative, questo approccio è abbastanza inutile, dal momento che ovviamente si cerca di ottenere il maggior numero di informazioni, nel campo diagnostico invece risulta essere una strategia preziosa.
Spero di esserti stato utile e aver risposto in tempo... |
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A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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