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valeriamassa
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: milano
64 Messaggi |
 Inserito il - 02 novembre 2006 : 19:12:29
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Ciao a tutti! Ho trovato una mutazione in un determinato gene e vorrei sapere se il sito nucleotidico colpito dalla mutazione è conservato nel corso dell'evoluzione. Come posso fare?? Qualcuno sa aiutarmi? Saperlo mi aiuterebbe a stabilire l'eventuale patogenicità della mutazione in oggetto. Grazie mille
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valeria |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 02 novembre 2006 : 19:24:36
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Spiegati meglio.. Hai clonato questo gene, l'hai sequenziato e hai visto una mutazione non sinonimo rispetto alla sequenza nel database?
Quello che mi viene in mente è che potresti effettuare dei test di neutralità per vedere se tale regione è sottoposta a selezione naturale, ma per fare questo ti serve la seq del gene da diversi individui (omozigoti per tale gene) della stessa specie. Insomma, un lavoraccio!
Oppure potresti allineare le seq del gene in diversi organismi (se queste sono disponibili nei database) e vedere che c'è in tale posizione, tanto per farti un'idea. In questo modo puoi vedere se si tratta di un sito conservato o meno e quale dei due alleli è più frequente.
Spero di esserti stata un pochetto di aiuto.
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valeriamassa
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: milano
64 Messaggi |
Inserito il - 04 novembre 2006 : 16:59:10
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| Vorrei allineare la sequenza del gene in questione in orgsnismi diversi per vedere se il sito soggetto a mutazione è conservato e quindi importante per la funzione della proteina codificata dal gene. Vorrei sapere come posso fare, su che sito devo andare, insomma i passaggi veri e propri, perchè non sono molto esperta di data base on line. Grazie mille Valia, attendo con ansia una tua risposta! |
valeria |
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Petemme
Nuovo Arrivato
93 Messaggi |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 04 novembre 2006 : 19:04:54
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Per allineare le sequenze puoi usare clustalW (vedi link indicato da Petemme). Io nel tuo caso allineerei seq proteiche, cosi' il risultato sarà interpretabile piu' facilmente.
Le sequenze puoi ricavarle da PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
specificando "Protein" nel menu a tendina a sinistra. In questo modo fai una ricerca per nome.
Se invece vuoi fare una ricerca di similarità, usando come query la sequenza proteica nel tuo organismo modello puoi usare blastp:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
Un'altra alternativa è usare blat:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
Qui usi la tua sequenza proteica come query, e puoi anche selezionare l'organismo nel quale vuoi "cercare".
Puoi anche aiutarti con la sezione "Didattica-->Bioinfomatica" in questo sito:
http://www.molecularlab.it/bioinformatica/index.asp
(Vedi soprattutto "Ricerca per sequenza").
Bioinformatici, nel caso, correggetemi!
Buon lavoro!!
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carlo4567
Nuovo Arrivato
Prov.: roma
Città: roma
40 Messaggi |
Inserito il - 05 novembre 2006 : 10:59:44
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Penso che la soluzione al tuo problema sia il browser genomico UCSC.
Se hai il nome del gene puoi cercarlo inserendolo nell'apposito campo di ricerca del browser genomico, altrimenti usa BLAT per identificare la sequenza.
Nell'uno e nell'altro caso , dal pannello grafico che ti si apre, puoi vedere il livello conservazione del tratto genomico nelle varie specie.
Alternativamente puoi usare Ensembl e fare una ricerca su regioni sinteniche.
Spero di esserti stato di aiuto |
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alineamento sequenze per vedere conservazione
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