I motivi potrebbero essere tanti: il DNA è degradato, il primer non si lega, il termociclatore non lavora bene (errori nel setting delle temperature)...cmq puoi dare un'occhiata qui
Potrebbe essere per la presenza di inibitori nel campione o a causa di una contaminazione da nucleasi. Oppure la causa potrebbe essere un eccesso di acido nucleico, la competizione di sequenze simili al DNA target per l'annealing con i primers o variazioni nella sequenza nucleotidica del target...O ancora una temperatura di annealing troppo elevata o concentrazioni di Mg2+ troppo basse....
Potrebbe anche essere che la quantità di DNA è troppo bassa? Io sto avendo lo stesso problema con le mie RT-PCR. In genere, quanti nanogrammi di cDNA andrebbero utilizzati?