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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
 Inserito il - 07 novembre 2006 : 14:47:45
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Lo so che è una domanda stupida...ma abbiate pazienza:
Ho la seq. di un gene, ho l'ATG iniziale e mi servirebbe un programma che mi continui la divisione in triplette in modo da sapere, per esempio, se 2000 bp a valle un certo nucleotide e il 1°, il 2° o il 3° della tripletta.
Riformulo la domanda:
Esiste un programma che data una sequenza di un gene, mi divide la sequenza in triplette secondo il frame?
Spero di essere stato chiaro...
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Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 07 novembre 2006 : 16:16:12
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Di sistemi ce ne sono tantissimi, il problema e' capire quello che sta piu' comodo a te! 
se solo insegnassero un po' di Unix all'Universita'...
Prova cosi':
Usa OpenOffice - Writer (puo' darsi che ci sia un'opzione simile anche con Word, ma non posso controllare).
Apri il file con la tua sequenza e dal menu modifica, scegli 'trova e sostituisci'.
Premi su avanzate e attiva la casella 'espressioni regolari'.
A questo punto, nella casella di ricerca puoi mettere '[ACTGN]{3,3}' (senza virgolette: significa "tutti i gruppi di tre caratteri consecutivi").
Nella casella sostituisci invece metti '& ' (e' importante lo spazio).
Screenshot: http://img293.imageshack.us/my.php?image=frame2he7.png |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2006 : 16:40:45
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io su mac lo faccio con 4peaks, un programma di analisi di sequenze "sequenziate".
mekentosj.com/4peaks/ |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2006 : 17:17:03
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Vai fantastico dallolio_gm!!!! 
Ho provato subito con Word (ero troppo curiosa!!!)
Comunque funziona!!!
Bisogna solo apportare queste modifiche:
1) Attivare la casella "usa caratteri jolly" al posto di 'espressioni regolari'
2) nella casella sostituisci usare "^& " al posto di '& ' (sempre con lo spazio ovviamente!)
Unico problema se hai sia lettere maiuscole che minuscole non funziona, non puoi attivare la casella "maiuscole/minuscole"
aspetta un attimo...
problema risolto se metto [ACTGactg] funziona!!! 
Grande!!! Sei un mito dallolio!!!
è vero... magari ti insegnassero un po' di linux!!!  |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2006 : 21:56:53
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eheh perche' le regex (espressioni regolari) sono molto importanti in bioinformatica, visto che si ha a che fare con sequenze e formati in solo testo molto frequentemente.
Alla regex che ho scritto sopra andrebbe aggiunto anche 'N' ([ACGTN]{3,3}), per specificare le basi degenerate nel codice (oppure si puo' tagliare la testa al toro con [A-Z] in modo da considerare tutte le lettere).
Su un sistema GNU/Linux e' molto semplice fare queste cose, si possono eseguire anche senza dover aprire il file con un programma esterno (es. "sed -r 's/(w{3,3})/1-/gi' nomefile" dalla linea di comando), oppure, si puo' usare vim (o anche emacs), che o' uno degli editor di testo piu' potenti che esistano in informatica (:%s/(w{3,3})/1-/gi).
In genere nessuno mette a disposizione programmi per fare questo genere di cose perche' sarebbe complicato prevedere tutte le possibili necessite' , e si preferisce utilizzare bioperl (http://www.bioperl.org), o i vari equivalenti negli altri linguaggi, oppure si utilizza proprio la linea di comando (che poi anche awk, grep e sed sono dei pseudo-linguaggi), secondo lo spirito Unix, che e' quello di avere un certo numero di tool capaci di fare cose poco specifiche (es. cercare una stringa in un file, contare, sostituire, etc..) e poi combinarli per ottenere cio' che si vuole.
ok, fine disgressione, ciao!! |
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