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MariBi
Utente Junior
170 Messaggi |
 Inserito il - 11 novembre 2006 : 01:09:47
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Quali proteine possono essere cristallizzate ai raggi X e quali no? In generale si può dire che la cristallografia a raggi X richiede un campione solido cristallino e che quindi proteine stabili, anche di grandi dimensioni, sono meglio studiabili allo stato cristallino.
Ma c'è qualcuno più esperto in questo campo che sa essere più preciso e che mi può fare qualche esempio? Grazie
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 11 novembre 2006 : 12:29:33
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Piu' che la stabilta' dovresti andare a valutare il profilo idrofobico/idrofilico della proteina in questione; in genere sono piu' semplici da cristallizzare proteine citosoliche rispetto a proteine di membrana.
Considera inoltre che la struttura risolta con la cristallografia:
1 - Rappresenta una "immagine statica" della proteina; si possono certo fare ipotesi sui meccanismi di reazione e/o di binding, ma talvolta la conformazione dinamica che può venire ad assumere puo' essere ben diversa. In questo caso possono venire in aiuto altre tecniche come l'NMR, il dicroismo circolare o la microscopia a forza atomica.
2 - Proprio perche' l'ambiente di cristallizzazione e' essenzialmente acquoso le proteine integrali verranno inevitabilmente ad assumere una struttura diversa rispetto alla loro conformazione fisiologica.
3 - con la cristallografia non possono essere determinate le posizioni atomiche degli idrogeni
4 - bisogna prendere con le pinze le posizioni atomiche delle acque cristallografiche; un sacco di autori ficcano una molecola di solvente in tutte le regioni rimanenti in cui riescono ad individuare un picco di densita' elettronica
5 - Ultima cosa che incide sulle strutture cristallografiche: l'eventuale acqua presente nel cristallo non riesce comunque a garantire l'abmiente di solvatazione completo che troveresti in condizioni fisiologiche |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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MariBi
Utente Junior
170 Messaggi |
Inserito il - 11 novembre 2006 : 12:54:55
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| Ma facilmente o difficilmente possono essere cristallizzate tutte le proteine? Perchè si deve guardare al profilo idrofobico/idrofilico della proteina? |
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orcaimpetuosa
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 24 novembre 2006 : 01:03:55
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Citazione:
Messaggio inserito da MariBi
Ma facilmente o difficilmente possono essere cristallizzate tutte le proteine? Perchè si deve guardare al profilo idrofobico/idrofilico della proteina?
la questione è che le proteine di membrana per essere cristallizzate vanno prima estratte e purificate, e per questo sono necessari dei solventi che alterano la struttura della proteina (che normalmente avrebbe profili idrofobici all'esterno).
in generale si può cristallizzare tutto ciò che ha una struttura ben definita e che quindi può disporsi in modo ordinato nello spazio per formare un cristallo, daltronde tutto ciò che non è ordinato nn si vedrebbe con i raggi x. Con la tecnologia attuale si è riusciti a cristallizzare anche virus, i tRNA, addirittura il ribosoma, ma non è possibile farlo con dna o rna, se non per brevissime sequenze, e con proteine fibrise.
Per quanto riguarda le proteine di membrana è più indicato ottenere dei cristalli bidimensionali, ovvero fare disporre ordinatamente le proteine su di una pseudo membrana, in modo da non cambiare la loro conformazione, il principio è lo stesso ma la tecnica è differente.
Spero di averti dato importanti informazioni, mi sono appena iscritto al forum proprio per cercare appunti di cristallografia, visto che esistono solo libri in inglese ed ho un esame la prossima settimana, perciò ora aprirò un nuovo thread. |
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MariBi
Utente Junior
170 Messaggi |
Inserito il - 24 novembre 2006 : 09:25:24
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Potevi continuare in questa discussione con la tua richiesta considerato che è lo stesso topic...invece di moltiplicare il tuo messaggio sul forum. Credo che i moderatori te li chiuderanno!  |
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orcaimpetuosa
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 24 novembre 2006 : 11:30:12
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Citazione:
Messaggio inserito da MariBi
Potevi continuare in questa discussione con la tua richiesta considerato che è lo stesso topic...invece di moltiplicare il tuo messaggio sul forum. Credo che i moderatori te li chiuderanno!
avrebbe avuto meno visibilità e se me li chiudono pazienza, non penso di aver offeso nessuno riscrivendo queste cose perciò nn dovrebbe essere grave no? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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Cristallografia a raggi X
Didattica
