Forse ti manca il fatto che i vari cloni hanno parti sovrapposte fra di loro
Ad es. se la tua sequenza fosse questa:
ACACTATCGATCGAGAAGCTCTAGCTTATCGATCGAT
Potresti avere 4 BAC contenenti
ACACTATCGA
TCGATCGAGAA
GAAGCTCTAGCTT
CTTATCGATCGAT
Ovviamente in un caso come questo è facile unire il tutto in una sequenza unica, se hai centinaia di migliaia di sequenze molto più lunghe la cosa diventa più complessa.
E dove rientra in tutto ciò l'elettroferogramma?
Beh, i vari metodi di sequenziamento (es. lo storico metodo di Sanger o quello quasi storico dei didesossi) si basano sulla creazione di sequenze uguali a quella da sequenziare ma troncate alle varie lunghezze.
Es. per la sequenza di sopra otterrai:
ACACTATCGATCGAGAAGCTCTAGCTTATCGATCGAT
ACACTATCGATCGAGAAGCTCTAGCTTATCGATCGA
ACACTATCGATCGAGAAGCTCTAGCTTATCGATCG
ACACTATCGATCGAGAAGCTCTAGCTTATCGATC
ACACTATCGATCGAGAAGCTCTAGCTTATCGAT
ACACTATCGATCGAGAAGCTCTAGCTTATCGA
ACACTATCGATCGAGAAGCTCTAGCTTATCG
ACACTATCGATCGAGAAGCTCTAGCTTATC
...
...
...
Le varie sequenze sono generate da 4 diverse reazioni che generano sequenze che finiscono tutte con la stessa base. Fai correre queste sequenze su un gel e puoi "leggere" la sequenza del DNA.
Oramai il tutto si fa in realtà in una reazione unica con il dye sequencing e si usa l'elettroforesi capillare, ma l'idea è assolutamente la stessa.
Sequenziamento genomico
Didattica
Inserito il - 12 novembre 2006 : 09:39:39
