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Aspasia88
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
 Inserito il - 23 ottobre 2011 : 17:59:12
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Salve a tutti, sono nuova del forum.
Qualcuno può aiutarmi a capire come si svolge questo quesito? Ho le idee molto confuse :(
-Calcolate quanti frammenti di DNA, si generano mediante idrolisi con l’enzima HpaII che riconosce la frequenza CCGG, in un DNA genomico umano.
E se invece l’enzima fosse EcoR1 la cui sequenza è GAATTC ?
Oppure un enzima il cui sito di riconoscimento ha 8 basi ?
(Ipotizzando che il DNA sia un polimero statistico dare le tre risposte, cioè calcoliamo la frequenza attesa senza tenere conto della composizione)
Spero vivamente di avere qualche risposta!
Grazie in anticipo.
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 23 ottobre 2011 : 18:21:30
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Seguendo il consiglio messo tra parentesi, ti basta calcolare prima la "probabilità" di avere quelle quattro basi messe in sequenza.
Quindi per la sequenza di riconoscimento di HpaII si può ragionare così: la probabilità di avere in prima posizione una "C" è pari a 1/4 (visto che 4 sono le possibilità totali, ovvero le quattro basi azotate); la probabilità di avere una "C" in seconda posizione è sempre pari a 1/4, come anche per le due "G" successive.
La probabilità quindi di avere tutte e quattro le basi in sequenza sarà data dal prodotto delle probabilità calcolate prima, quindi:
frequenza di taglio = (1/4)x(1/4)x(1/4)x(1/4) = (1/4)^4 = 1/256
Cioè in media (posto il numero di "C" uguale a quello di "T", cioè una composizione del DNA omogenea, senza una prevalenza di una base sull'altra) avverrà un taglio ogni 256 basi se usi HpaII.
Da questo dato ti puoi tranquillamente calcolare il numero totale di frammenti di restrizione che otterrai sapendo il numero totale di basi di un tipico genoma umano.
Per le altre domande il ragionamento è identico.  |
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Aspasia88
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 23 ottobre 2011 : 19:11:34
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Ciao,
grazie 1000 !
Allora se ho ben capito:
Essendo il genoma umano caratterizzato da 3,2 x 10^9 cb , se utilizzo l'enzima di restrizione HpaII che presenta un sito di riconoscimento a 4 cb (un taglio ogni 256cb) otterrò che il genoma verrà tagliato in
(3,2 x 10^9 )/ 2,56 x 10^2 = 1,25 x 10^7 frammenti
EcoR1
Effettua un taglio ogni 4096 cb
frammenti DNA genomico umano 7,86 x 10^5
NotI (sito di riconoscimento 8cb)
Effettua un taglio ogni 65536 cb
frammenti di DNA genomico umano 4,88 x 10^4
Qualcuno mi può dire se è corretto?
Grazie
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 24 ottobre 2011 : 17:01:51
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| Penso proprio sia corretto |
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Idrolisi del DNA con enzimi di restrizione. Esercizio
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