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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
 Inserito il - 24 novembre 2006 : 16:15:54
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Ciao a tutti!
voi bioiformatici mi potete dire cosa distingur robetta server da altri siti? Mi e' stato detto che rosetta e' il software di robetta, quindi forse la domanda corretta riguarda rosetta,su cosa si basa?e quali sono le differenza con altri software di predizione?
(in italiano,non bioinformatichese avanzato please... )
graaacie!
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 25 novembre 2006 : 09:35:25
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maaaaa inciommmaaaa!!!!
vi prego bioinfo accorrete!ora mi vado a leggere n pò di articoli a riguardo (quelli consigliati nel sito)ma temo che sarà turco per me...please!!!help me!!!! |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 25 novembre 2006 : 17:05:05
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ahah un attimo, ero in vacanza!! ;)
Allora rosetta è un software per la predizione della struttura terziaria di una proteina ab initio, cioè partendo unicamente dalle informazioni sulla sequenza e senza utilizzare nessun confronto con altre strutture già conosciute.
In generale i metodi di predizione si dividono in tre categorie: l'homology modeling, in cui si va a cercare una struttura simile per omologia all'interno del pdb (il database delle strutture proteiche cristallizzate), e si cerca di valutare le differenze; il threading, che sempre sfrutta delle librerie di strutture terziarie già conosciute; e appunto la predizione ab initio, che parte da zero.
I primi due sistemi sono meno costosi computazionalmente e più precisi, ma se non è possibile trovare strutture note correlate alla sequenza di interesse si può provare con la previsione ab initio.
Se non sbaglio Rosetta è l'unico software di predizione ab initio in circolo al momento.. Robetta è un server che permette di lanciare previsioni tramite Rosetta, anche se credo che ci siano alcune ottimizzazioni. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 25 novembre 2006 : 18:20:36
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ben tornato!!che bello grazie!! |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 26 novembre 2006 : 10:21:58
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...e io ci avrei anche creduto!! |
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lellabella
Nuovo Arrivato
Prov.: Bergamo
Città: Almè
4 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2008 : 11:37:28
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Ciao bioinfo, ho bisogno di sapere una cosa inerente rosetta e l'ultimo cs-rosetta, che permette la determinaz 3D delle proteine a partire dai dati di chemical shift.
Rosetta effettua la ricerca dei frammenti nel PDBdatabse, le strutture sono depositate nella directory PDBH...ma come si fa ad aggiornarla con tt le strutture depositate? E' possibile un update?
Grazie mille, buon lavoro.
M.Elena |
M.Elena |
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rosetta e le sue sorelle
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