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Discussione |
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iacsorr
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
 Inserito il - 28 novembre 2011 : 10:20:37
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Salve.Qualcuno di voi conosce se in rete bc'è un software che data una sequenza amminoacidica, visualizza la proteina in 3D?aiutatemi, perfavore !Grazie
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 28 novembre 2011 : 13:33:14
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Citazione:
Messaggio inserito da iacsorr
Salve.Qualcuno di voi conosce se in rete bc'è un software che data una sequenza amminoacidica, visualizza la proteina in 3D?aiutatemi, perfavore !Grazie
Purtroppo la sola sequenza primaria non è sufficiente. Al massimo potresti predire la struttura ricorrendo all'homology modeling.
Se ti serve una cosa rapida giusto per avere giusto un idea puoi ricorrere a SWISS-MODEL (http://swissmodel.expasy.org/) altrimenti il punto di riferimento rimane MODELLER (http://salilab.org/modeller/) |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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iacsorr
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 14 dicembre 2011 : 12:25:25
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| Salve.Pongo la domanda in modo migliore.Conosco la sequenza aminiìoacidica di una proteina e di questa vorrei conoscerne la struttura secondaria e terziaria e la possibilità di vedere questa in 3D.Voi conoscete unb programma che fa questo?attendo una vostra risposta .Grazie |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 14 dicembre 2011 : 14:57:53
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| Penso ti abbia già risposto kORdA, non credo sia possibile determinare con precisione la struttura secondaria e tanto meno terziaria di una proteina dalla sola sequenza, o almeno non ancora. Appunto, semmai ricorri ai modelli di omologia di sequenza. |
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M111
Utente
Prov.: Lucca
Città: Guamo
838 Messaggi |
Inserito il - 14 dicembre 2011 : 15:06:29
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Non puoi far tutto direttamente da Entrez?
Se poi desideri navigarci dentro e molto più puoi scaricare il .pdb e poi usare chessò...VMD o Chimera...(se sei in uni...magari...altrimenti....comunque ci saranno sicuramente dei programmetti free che visualizzano e basta....)
Ad oggi, come diceva kORda, non è possibile calcolare la struttura terziaria di una proteina partendo dalla primaria, però tutto quello che già si sa è nei database....li dentro ti puoi muovere come vuoi, sapendo come interrogare ;) |
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iacsorr
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 16 dicembre 2011 : 08:29:49
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ma il programma blast peensate che sia buono, è un data base però ... Grazie
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 16 dicembre 2011 : 08:44:42
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Quello che puoi fare con BLAST è vedere se quella sequenza primaria corrisponde ad una proteina nota. Dopodichè andando, ad es. su The Protein Data Bank puoi vedere se la proteina è già stata cristallizzata o se comunque ne esista una struttura.
Concordo con gli altri che, semplicemente conoscendo la struttura primaria di una proteina ignota non ne puoi (ancora?) calcolare la struttura secondaria e/o terziaria esatta. |
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M111
Utente
Prov.: Lucca
Città: Guamo
838 Messaggi |
Inserito il - 16 dicembre 2011 : 10:23:56
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...certo, ancora...ogni giorno però è fatto un passo ;)
Sapete del concorso che c'è, giusto? |
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