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Ale_90
Utente Junior
296 Messaggi |
 Inserito il - 05 gennaio 2012 : 17:04:51
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Un mio professore si diverte spesso a fare questa domanda agli studenti: datemi la definizione di gene (si diverte perché quasi mai nessuno gli da la risposta che gli piace, quindi smonta qualsiasi idea provenga dalla platea). Per approfondire questo argomento, ci ha presentato la seguente review:
"What is a gene? An updated operational definition", di G. Pesole.
La soluzione che presenta è molto semplice e prende in considerazione il grado di sovrapposizione dei prodotti, intesi sia come non-coding RNAs che come prodotti proteici. Ma questo grado di sovrapposizione come viene definito? Qual'è il limite di demarcazione tra cosa è sovrapponibile e cosa non lo è?
Una review analoga ("What is a gene, post-ENCODE? History and updated definition." di Gerstein et al.) definisce gene come "a union of genomic sequences encoding a coherent set of potentially overlapping functional products."
Coherent? In base a quale proprietà definireste due prodotti "coherent?"
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monera
Utente Junior
Città: stoccolma
421 Messaggi |
Inserito il - 06 gennaio 2012 : 12:41:10
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A parte tutto il resto, ho sempre definito gene come sequenza nucleotidica che codifica per una proteina o per un RNA.
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Il saggio per eccesso di saggezza diventa un folle agli occhi dei meno saggi
"siamo buoni a nulla, ma capaci di tutto"
J.Morrison |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 06 gennaio 2012 : 12:46:46
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monera, quella è una definizione piuttosto vecchiotta.
Di già la potresti migliorare dicendo:
Citazione:
sequenza nucleotidica che codifica almeno per un RNA.
Ma anche questa è una definizione inesatta, in quanto stai definendo la CDS e non il gene.
Devi anche considerare ad es. tutto l'insieme di promotore, elementi regolatori e gli introni che non sono compresi nella tua definizione!!! |
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Ale_90
Utente Junior
296 Messaggi |
Inserito il - 06 gennaio 2012 : 13:09:04
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
monera, quella è una definizione piuttosto vecchiotta.
Di già la potresti migliorare dicendo:
Citazione:
sequenza nucleotidica che codifica almeno per un RNA.
Ma anche questa è una definizione inesatta, in quanto stai definendo la CDS e non il gene.
Devi anche considerare ad es. tutto l'insieme di promotore, elementi regolatori e gli introni che non sono compresi nella tua definizione!!!
E fin qui tutto bene, salvo il fatto che esistono più prodotti, anche radicalmente diversi, che condividono questi elementi. A sto punto mi chiedo se sia ancora il caso di includerli nella definizione di gene. Non si potrebbe invece definire un cluster di prodotti "coherent" perché sfruttano tutte lo stesso promotore, oppure perchè contengono un numero di esoni comuni superiore al 50%...Insomma, considerare da una parte tutta la componente regolatrice/accessoria (intesa come non materialmente trascritta) e dall'altra tutta la componente che viene effettivamente trascritta (introni/esoni). Potremmo avere così un tot di cluster di prodotti, magari dipendenti tutti dalla stessa frazione regolatrice/accessoria. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 06 gennaio 2012 : 14:04:48
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Secondo me ci sono tre problemi diversi:
1) cos'è un gene?
2) quali sono i limiti molecolari di un gene?
3) esiste LA definizione di gene (ovvero, esiste una risposta alla domanda del tuo prof)?
Consiglio questo editoriale di Helen Pearson:
Genetics: what is a gene? - Nature 2006
Da questa possiamo già trovare una possibile risposta da dare al professore:
Non esiste un univoca definizione di gene accettata da tutta la comunità scientifica, una definizione che può accomodare le molte diverse opinioni è quella proposta da Karen Eilbeck, ossia:
"A locatable region of genomic sequence, corresponding to a unit of inheritance, which is associated with regulatory regions, transcribed regions, and or other functional sequence regions"
E su questo penso si debba stressare di più il concetto di gene, ossia un'unità di ereditarietà. Poi, quali siano i limiti esatti... |
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Ale_90
Utente Junior
296 Messaggi |
Inserito il - 06 gennaio 2012 : 14:48:32
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Uhm, porre il focus sull'ereditarietà è una buona idea, anche se credo che operativamente comporti un lavoro mastodontico (ma posso anche sbagliarmi!).
Ma conoscere i limiti molecolari di un gene non diventa necessario quando vogliamo correlare un'unità di ereditarietà con il suo significato biologico? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 06 gennaio 2012 : 16:48:16
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| Certo, non intendevo dire che i limiti fisici non sono importanti, solo che se chiedi a 10 bioinformatici avrai 20 risposte diverse! :D |
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Ale_90
Utente Junior
296 Messaggi |
Inserito il - 06 gennaio 2012 : 16:50:34
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| LOL immaginavo! |
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Discussione |
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Gene: definizione
