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amelu
Utente Junior
132 Messaggi |
 Inserito il - 05 febbraio 2012 : 09:43:16
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DOMANDA DEL COMPITO DI BIOCHIMICA STRUTTURALE:
come una proteina beneficia dell'uso del computer.
...il prof ha spiegato come tecnica per la determinazione della struttura di proteine, LA DIFFRAZIONE AI RAGGI X.
esattamente secondo voi, come potrei rispondere a questa domanda?
amelu
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amelu |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2012 : 10:10:45
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Cioè, la domanda è "come una proteina beneficia dell'uso del computer."?
In quel caso (a parte la stranezza di come è formulata...) io direi che più o meno tutte le tecniche che permettono la determinazione della struttura di una proteina, come la cristallografia a raggi X o la risonanza magnetica nucleare danno come risultato una quantità enorme e molto complessa da analizzare di dati. L'analisi è quindi molto semplificata - e spesso direi addirittura resa possibile - dall'utilizzo di un computer.
Senza parlare poi dei metodi puramente in silico come ad es. l'homology modeling che per definizione richiedono l'uso di un computer. |
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amelu
Utente Junior
132 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2012 : 10:22:53
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diciamo che anche x me....è formulata moltooo male...(mi è stata data, nn l'ho letta io) cmq io penso di aver capito, RISPONDEREI COSI (dimmi secondo te se come ragionamento funziona):
Con il computer attraverso algoritmi e precisi programmi è possibile poter calcolare la DENSITà ELETTRONICA degli atomi di una proteina,
con tale informazione ricaviamo la posizione media degli atomi + la conoscenza dei loro legami chimici, pertanto riceviamo informazioni dettagliate dell'organizzazione/struttura della nostra proteina.
Successivamente si continua con il fitting tra la mappa di densità elettronica e la sequenza aa della proteina, quindi le info che posso ricavare con l'uso di un pc sono pari dell'utilizzo di CRISTALLI DI PROTEINE bombardati di raggi X.
... .....ma....nn so, io risponderei cosi: che ne pensi?? |
amelu |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2012 : 10:54:45
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Sì, puntandola specificamente sulla cristallografia direi che va bene. Puoi poi generalizzare appunto includendo anche altri metodi come appunto l'NMR o i metodi puramente in silico.
Non capisco invece questa tua frase:
Citazione:
quindi le info che posso ricavare con l'uso di un pc sono pari dell'utilizzo di CRISTALLI DI PROTEINE bombardati di raggi X.
Diciamo che quando bombardi un cristallo di proteina (quando riesci a farlo...) con raggi X ottieni una serie di chiazze. Non molto informativo se non hai poi tutta una serie di calcoli molto complessi dietro che ti permettono di definire una mappa di densità elettronica. Ti torna? |
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amelu
Utente Junior
132 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2012 : 12:08:00
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ho scritto cosi, perchè: con il bombardamento di raggi X su un cristallo di prot, ottengo come hai detto tu una serie di chiazze su una lastra quindi ottengo come info una rete tridimensionale che mi indica la DENSITà ELETTRONICA DEGLI ATOMI, e poi da questa ricavo una serie di informazioni della proteina in esame, quale la posizione media degli atomi, legami chimici, ecc.
Con l'uso di programmi specifici nel pc ed algoritmi,
io ho capito e quindi direi che: ottengo la DENSITà ELETTRONICA degli atomi della proteina senza che questa venga colpita da raggi X e quindi dispongo delle stesse info ma oltrepasso uno step...cioè l'irraggiamento del cristallo son raggi x....
io ho interpretato cosi:
ribadisco che è una mia interpretazione, forse errata....boooo
mentre da quello ke dici tu, è: ke l'uso del computer è funzionale solo per ricavare dalla lastra fotografica le info sulla proteina sfruttando dei programmi che rielaborano tutto.
giusto? |
amelu |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2012 : 12:13:15
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Citazione:
dispongo delle stesse info ma oltrepasso uno step...cioè l'irraggiamento del cristallo son raggi x....
Sì, allora stiamo più o meno dicendo la stessa cosa.
Non so fino a che punto ti sia stata spiegata la cristallografia, ma arrivare a creare una mappa di densità elettronica a mano senza un computer è possibile ma non è per nulla semplice (e non so quanto sia accurato).
Quindi senza computer hai solo delle chiazze e qualche informazione (es. il tipo di cella del cristallo, la simmetria della molecola e con opportune tecniche puoi avere la posizione di specifici atomi nella cella etc.).
Ma senza fare la cristallografia non avresti i dati da inserire nel software! Quindi sono entrambi passaggi necessari! |
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amelu
Utente Junior
132 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2012 : 12:20:53
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quindi dire: Con l'uso di programmi specifici nel pc ed algoritmi,
ottengo la DENSITà ELETTRONICA degli atomi della proteina senza che questa venga colpita da raggi X e quindi dispongo delle stesse info oltrepassando uno step (cioè l'irragiamento del cristallo)è sbagliato?
ok!
l'utilizzo e quindi il beneficio di utilizzare il pc x una proteina è solo esclusivamente la rielaborazione dei dati impressi sulla lastra, giusto? |
amelu |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2012 : 12:39:19
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Beh, è un grande vantaggio, non ti pare?
Inoltre (non conosco i dettagli, non ho mai fatto cristallografia) ma puoi anche utilizzare informazioni su altre proteine che trovi nei vari DB disponibili online per migliorare la predizione della tua struttura. |
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amelu
Utente Junior
132 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2012 : 12:42:51
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| certo che è un fantastico vantaggio, volevo solo capire se comunque l'irraggiamento del cristallo con i raggi x deve essere x forza fatto, oppure può essere eluso |
amelu |
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amelu
Utente Junior
132 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2012 : 12:46:46
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| utilizzando il pc cn specifici programmi ed ottenendo la densità elettronica al pari di ciò che accade con l'irraggiamento. |
amelu |
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M111
Utente
Prov.: Lucca
Città: Guamo
838 Messaggi |
Inserito il - 06 febbraio 2012 : 11:53:52
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Secondo me questa domanda è un po' troppo generale per un compito, magari fatta per aiutare così che tutti possano metterci qualcosa di giusto, ma, in realtà, mette veramente in difficolta.
Con tutto il rispetto possibile per il docente.
Certo, si potrebbe fare un elenco di tutto quello che viene in mente. |
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amelu
Utente Junior
132 Messaggi |
 Inserito il - 06 febbraio 2012 : 13:10:02
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| M111 la mia risp secondo te va bene? |
amelu |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 06 febbraio 2012 : 15:38:32
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Citazione:
certo che è un fantastico vantaggio, volevo solo capire se comunque l'irraggiamento del cristallo con i raggi x deve essere x forza fatto, oppure può essere eluso
Se usi un metodo di cristallografia a raggi X l'irraggiamento deve essere per forza fatto!
L'alternativa è, come dicevo, utilizzare metodi completamente in silico (quindi completamente fatti al computer) che permettono ad es. di predire la struttura di una proteina basandosi sulla struttura di proteine simili. Ma ovviamente la cosa non è sempre applicabile. |
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amelu
Utente Junior
132 Messaggi |
 Inserito il - 06 febbraio 2012 : 16:16:57
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| bene....ho capito!! thanks |
amelu |
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Discussione |
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