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Zanna
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecco
33 Messaggi |
 Inserito il - 13 dicembre 2006 : 15:00:19
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ciao a tutti,
mi sto dando ad un nuovo progetto ed essendo una materia che ho visto solo su banchi dell'università vi chiedo qualche dritta per fare i primi passi nella giusta direzione.
Abbiamo in mano 300 sequenze batteriche che arrivano da un sequenziamento shotgun. Sono stati pubblicati 2 genomi completi di 2 altri ceppi della stessa specie batterica (da analisi preliminari sembra che la % di omologia tra questi 3 ceppi sia del 95% - bassa vero?) Vogliamo valutare l'espressione dei geni che abbiamo per le mani in diverse condizioni ambientali del batterio. Il batterio in questione ha non più di un migliaio di geni, ma le sequenze che abbiamo si limitano a queste. Pensavamo ad un'analisi tramite microarray.
Quindi:
1. La scelta delle sonde: è una operazione fatta da chi stampa i chip e quindi gli vanno fornite le sequenze più lunghe possibile dentro le quali loro scelgono i reporter, oppure posso/devo scegliere io le sonde? questo è uno step importante per i requisiti MIAME, giusto?
2. consigliate qualche metodo/compagnia/piattaforma per custom array con così pochi target?
3. gene chip per questo numero di geni quanto possono costare?
4. nostri colleghi fanno fare l'analisi statistisa dei dati ad una bioinformatica di grande esperienza. Questa fase è talmente complessa e delicata che ci si deve appoggiare necessariemente ad un esperto o è una cosa che può imparare in um tempo ragionevole (ragionevole < 2 mesi)?
beh, grazie!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 13 dicembre 2006 : 20:33:07
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Premessa: mai usato microarray... :)
Credo che i chip siano già fatti, ma magari per un migliaio di geni ve li fanno anche custom.
La cosa importante comunque è che l'analisi va definitivamente fatta fare ad un esperto.
I risultati dei microarray possono essere molto utili, ma si rischia spesso di essere molto "biased" quando li si interpreta. Personalmente credo che < 2 mesi non sia un opzione contemplabile (probabilmente in due mesi puoi imparare la statistica che ci sta dietro). Tuttavia ribadisco, non ho mai usato un microarray, quindi lascio la parola a qualcuno un po' più esperto.  |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 14 dicembre 2006 : 18:50:03
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Purtroppo nemmeno io me ne intendo di Microarray, però mi sembra che la maggior parte delle analisi si facciano con R e alcuni moduli.
Fossi in te mi leggerei un bel po' di articoli sull'argomento... magari proprio su questa bioinformatica di grande esperienza ;)
Di letteratura su questo ci dovrebbe essere abbastanza, tra tutorial gratuiti e articoli (ti consiglio di cercare con scirus e hubmed, o scopus).
Secondo me ti conviene affidare il lavoro alla superbioinformatica ma anche studiarti le cose un po' per conto tuo, così puoi vedere se ti piace quello che fa  |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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