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ptr1802
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
 Inserito il - 20 febbraio 2012 : 14:26:38
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ciao a tutti sono nuovo de lforum e mi serve veramente un aiuto !!! devo fare l'esame di bioinformatica e una delle domande è " partendo dalla sequenza aminoacidica, si effettui un tentativo di predizione di
struttura terziaria per omologia (con SwissPDBviewer, utilizzando come modello
una sequenza con identità se possibile inferiore al 70%)"
io ho come sequenza proteica 1APM e ho cercato su PDB una proteina con identità del 70% ed è 1RDQ e ho ottenuto la sequenza amminoacidica in fasta e la carico su swissPDB e compare la proteina come lunga elica poi però mi blocco non so come andare avanti chi sa aiutarmi?? è importante grazie!!
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M111
Utente
Prov.: Lucca
Città: Guamo
838 Messaggi |
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sir3n4
Nuovo Arrivato
40 Messaggi |
 Inserito il - 28 gennaio 2013 : 15:10:37
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Ciao a tutti, vi pongo un problema devo predire la struttura secondaria di una proteina (che in realtà conosco).
allora inzio
http://www.pdb.org/
cerco 1ikg
http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1IKG
clicco su Search Related Articles in PubMed
risultato:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?itool=pubmed_DocSum&DbFrom=pubmed&Cmd=Link&LinkName=pubmed_pubmed&IdsFromResult=12215418
da http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1IKG
scarico il file pdb che chiamo
1iKG pdb
scarico la seq.FASTA
>1IKG:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
ADLPAPDDTGLQAVLHTALSQGAPGAMVRVDDNGTIHQLSEGVADRATGRAITTTDRFRVGSVTKSFSAVV
LLQLVDEGK
LDLDASVNTYLPGLLPDDRITVRQVMSHRSGLYDYTNDMFAQTVPGFESVRNKVFSYQDLITLSLKHGVTNAPGAAYSYS
NTNFVVAG
MLIEKLTGHSVATEYQNRIFTPLNLTDTFYVHPDTVIPGTHANGYLTPDEAGGALVDSTEQTVSWAQSAGAV
ISSTQDLDTFFSALMSGQLMSAAQLAQMQQWTTVNSTQGYGLGLRRRDLSCGISVYGHTGTVQGYYTYAFASKDGKRSVT
ALA
NTSNNVNVLNTMARTLESAFCGKPTT
apro PSIPRED
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
METODO DI PREDIZIONE
*Choose Prediction Methods
PSIPRED v3.3 (Predict Secondary Structure)
*Input Sequence (Single sequence or Multiple Sequence alignments; as raw sequence or fasta format)
>1IKG:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
ADLPAPDDTGLQAVLHTALSQGAPGAMVRVDDNGTIHQLSEGVADRATGRAITTTDRFRVGSVTKSFSAVVLLQLVDEGK
LDLDASVNTYLPGLLPDDRITVRQVMSHRSGLYDYTNDMFAQTVPGFESVRNKVFSYQDLITLSLKHGVTNAPGAAYSYS
NTNFVVAGMLIEKLTGHSVATEYQNRIFTPLNLTDTFYVHPDTVIPGTHANGYLTPDEAGGALVDSTEQTVSWAQSAGAV
ISSTQDLDTFFSALMSGQLMSAAQLAQMQQWTTVNSTQGYGLGLRRRDLSCGISVYGHTGTVQGYYTYAFASKDGKRSVT
ALANTSNNVNVLNTMARTLESAFCGKPTT
(SENZA SPAZI)
Short identifier for submission
PROTEINA
CLICCO SU PREDIT
Your PSIPRED server job has been submitted
our job is in the queue under the name: PROTEINA with the job ID: 45b796aa-6942-11e2-adf3-00163e110593
(attendo)
Il risultato l'ho allegato
1 problema.
Non capisco i risultati di psipred!!! mi aspettavo una allineamento quindi delle proteine simili alla mia invece non riesco ad interpretarli.
Allora decido di chiedere a Jpred
http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/cgi-bin/jpred_form
ottengo delle proteine simili alla mia 1ikg
scelgo la 1iki
prendo il file pdb da
http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1IKI
risultato
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/result/45b796aa-6942-11e2-adf3-00163e110593
Allegato:  psipred _ result 1ikg.pdf
139,41 KB
poi scarico Swiss pdb Viewer
> carico il file pdb della mia proteina 1ikg
poi carico quella che ho scelto da Jpred ovvero 1iki
il programma le sovrappone automaticamente, effettivamente sono molto simili.
1) voglio verificare con allineamento che siano effettivamente simili
coloro la mia proteine rossa e l'alta verde (per distinguerle)
clicco si wind --> alignment mi aspetto questo
L P P D P
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L P P
mentre ho solo le lettere di entrambi senza | xk??????
come posso vedere le energie?
grazie |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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ventu
Nuovo Arrivato
Prov.: PD
30 Messaggi |
Inserito il - 29 gennaio 2013 : 10:42:11
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Ciao, allora, SwissPDBViewer ti serve solo per la parte iniziale, poi per l'assestamento della struttura 3D ti consiglio di appoggiarti a SwissModel (lo potresti fare anche con SwissPDBViewer ma a quel punto devi sapere che cicli di step di minimizzazione fare).
Io ho utilizzato swissPDBviewer tempo addietro e ora purtroppo non ce l'ho installato quindi vado un pò a memoria.
Tu dovresti avere la struttura ottenuta dal PDB caricata e poi caricare la sequenza amminoacidica come ROW sequence (dovresti vedere a schermo la struttura 3D del PDB conformata e poi una lunga catena di aa).
A questo punto Ti selezioni tutte e due le catene tramite sul piccolo riquadro in basso (se non ce l'hai cerca un comando del tipo "display sequence" o qualcosa del genere). Una volta fatto ciò cerca il comando fit, effettuanto il fit la tua catena lunga dovrebbe sovrapporsi a quella della struttura.
Alla fine salvi il tutto come project e utilizzi SwissModel per sottoporre il tuo progetto tramite il ProjectMode.
Solitamente il project mode si utilizza per strutture con omologia al di sotto del 50% perciò non so se ti può andare bene lo stesso.
Perdonami le indicazioni poco precise ma non ricordo molto. Potrei saperti dare info più dettagliate tra un paio di giorni se ti interessa.
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Messaggio inserito da ptr1802
ciao a tutti sono nuovo de lforum e mi serve veramente un aiuto !!! devo fare l'esame di bioinformatica e una delle domande è " partendo dalla sequenza aminoacidica, si effettui un tentativo di predizione di
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io ho come sequenza proteica 1APM e ho cercato su PDB una proteina con identità del 70% ed è 1RDQ e ho ottenuto la sequenza amminoacidica in fasta e la carico su swissPDB e compare la proteina come lunga elica poi però mi blocco non so come andare avanti chi sa aiutarmi?? è importante grazie!!
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