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Flo79
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
 Inserito il - 22 febbraio 2012 : 17:57:55
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Ciao a tutti, sono nuova del forum...
ho bisogno di un enorme aiuto!
Ho bisogno di fare un allineamento di sequenze utilizzando SeaView e poi generare il relativo albero.
Ho una traccia da seguire ma qualcosa non funziona.  La verità è che non ci capisco proprio nulla...
E' una materia che non conosco ma ho bisogno di consegnare questo lavoro per verbalizzare un esame.
Una volta caricato il file in formato fasta e generato l'allineamento, come procedo? Devo rimuovere i gap?
Qualcuno potrebbe dirmi come procedere? Intendo proprio passo passo...insomma mi servirebbe una vera guida for dummies!
grazie a chiunque potrà darmi un aiuto...
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 22 febbraio 2012 : 19:42:44
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Ciao e Benvenuta!!!
Citazione:
Ho una traccia da seguire ma qualcosa non funziona.
Hai una traccia con i vari punti da seguire? La puoi ricopiare qui?
Seaview ho provato ad usarlo anni fa, ma era poco intuitivo. Ora sembra migliorato.
Nella traccia cosa devi fare? Perchè se è un allineamento che devi fare credo tu ci sia riuscita... |
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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Flo79
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2012 : 11:11:34
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Ciao, Grazie!
Partendo dalla mia proteina, devo trovare la sequenza, ricercare sequenze omologhe con BlastP (ne ho prese 15), fare l'allineamento con SeaView, utilizzare Gblocks per eliminare le sequenze mal allineate e non utilizzabili e poi generare gli alberi ecc...
Questo è il passaggio che non capisco. O, meglio, credevo di averlo fatto giusto ma quando il prof ha visto i files mi ha detto che era tutto errato. Che l'allineamento non aveva senso.
Il problema è che ora non so come procedere.
"Look at the alignment generated. It seems to be OK, but now, under the “props” menu, select “View as proteins”. Do you see anything strange? Go back and uncheck the “View as proteins” option, can you see any problems with the alignment (hint, think of the codon structure of coding DNA).
Make sure all the sequences are selected, then under the “Align” menu select “De-align selection” to remove to gaps.
Now switch to viewing the sequences as proteins again, and redo the alignment for the proteins. Save the data."
Devo rimuoverli i Gap con De-align oppure no e copiare le sequenze allineate direttamente in Gblocks? Perchè mi pare di aver capito che l'errore sia in questo passaggio...
E per le sequenze proteiche devo ripetere l'allineamento o basta copiare i dati come proteina?
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