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alexct82
Nuovo Arrivato
Prov.: ct
Città: catania
26 Messaggi |
 Inserito il - 23 febbraio 2012 : 18:46:58
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Ciao a tutti,
vorrei sapere se qualcuno conosce qualche tool per la predizione dei siti di docking tra proteine e piccole molecole (farmaci o per esempio secondi messaggeri).
L'input dovrebbe essere la sequenza amminoacidica della proteina o del dominio...
Grazie
ale
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 27 febbraio 2012 : 11:00:51
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Citazione:
Messaggio inserito da alexct82
[...]
L'input dovrebbe essere la sequenza amminoacidica della proteina o del dominio...
Grazie
ale
Solo sequenza primaria e niente struttura, intendi?
e il ligando? devi screenare una libreria di candidati? oppure hai un modello qsar? o hai la topologia di un ligando in particolare? |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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sir3n4
Nuovo Arrivato
40 Messaggi |
Inserito il - 22 gennaio 2013 : 19:29:33
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salve a tutti, vorrei chiedervi delle info su bioinformatica.
1) come trovo il formato fasta da questo http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/50978988
receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 precursor
2) potreste indicarmi dei link dettagliati che spiegano come cercare una proteina su un database?
3) il formato fasta poi dovrei usarlo per predire la struttura secondaria della proteina.
tutto questo mi serve perchè devo fare una relazione.
da una proteina scelta da me devo utilizzare metodi di predizione di struttura secondaria,
non so come usare file
pdb,docking, swiss model,psipred,jalview
grazie per la disponibilità |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
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sir3n4
Nuovo Arrivato
40 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2013 : 21:34:14
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Allora
1) dal sito http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
seleziono la mia proteina e ricavo il formato fasta.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/33112428?report=fasta
>gi|33112428|sp|Q8TCW9.1|PKR1_HUMAN RecName: Full=Prokineticin receptor 1; Short=PK-R1; AltName: Full=G-protein coupled receptor 73; AltName: Full=G-protein coupled receptor ZAQ; AltName: Full=GPR73a
METTMGFMDDNATNTSTSFLSVLNPHGAHATSFPFNFSYSDYDMPLDEDEDVTNSRTFFAAKIVIGMALV
GIMLVCGIGNFIFIAALVRYKKLRNLTNLLIANLAISDFLVAIVCCPFEMDYYVVRQLSWEHGHVLCTSV
NYLRTVSLYVSTNALLAIAIDRYLAIVHPLRPRMKCQTATGLIALVWTVSILIAIPSAYFTTETVLVIVK
SQEKIFCGQIWPVDQQLYYKSYFLFIFGIEFVGPVVTMTLCYARISRELWFKAVPGFQTEQIRKRLRCRR
KTVLVLMCILTAYVLCWAPFYGFTIVRDFFPTVFVKEKHYLTAFYIVECIAMSNSMINTLCFVTVKNDTV
KYFKKIMLLHWKASYNGGKSSADLDLKTIGMPATEEVDCIRLK
2) Utilizzo il formato fasta, per predire la struttura secondaria, per vedere se la mia sequenza è compatibile con qualche proteina nota vado sul sito
www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/
dove ho inseritoa) i dati b) METTMGFMDDNATNTSTSFLSVLNPHGAHATSFPFNFSYSDYDMPLDEDEDVTNSRTFFAAKIVIGMALVGIMLVCGIGNFIFIAALVRYKKLRNLTNLLIANLAISDFLVAIVCCPFEMDYYVVRQLSWEHGHVLCTSV
NYLRTVSLYVSTNALLAIAIDRYLAIVHPLRPRMKCQTATGLIALVWTVSILIAIPSAYFTTETVLVIVK
SQEKIFCGQIWPVDQQLYYKSYFLFIFGIEFVGPVVTMTLCYARISRELWFKAVPGFQTEQIRKRLRCRR
KTVLVLMCILTAYVLCWAPFYGFTIVRDFFPTVFVKEKHYLTAFYIVECIAMSNSMINTLCFVTVKNDTV
KYFKKIMLLHWKASYNGGKSSADLDLKTIGMPATEEVDCIRLK
dopo un paio di ore ho ottenuto questo risultato
Quindi dal risultatoConfidence:100.0%Coverage:73%confidence 100% indica che il risultato è molto affidabile?
poi ho ho visto le PSI- BLAST http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/phyre2_output/9025b7f661ea3cc7/psi-blast.htmlquindi in questo file evidenzio tutte le sequenze che possono essere confrontabili con la mia proteina, anche sequenze ortologhe,perciò Prof.re io con phyre ho cercato di fare un modellazione per omologia di sequenze, sfruttando porzioni della proteina che sono più conservate che ritrovo nel text di PSI-BLAST, e inoltre phyre mi ha informazioni sui domini che ha la mia proteina confrontandola con delle proteine a domini noti del data base.Nel le alfa eliche, e le frecce ci danno informazioni sulla nostra struttura quindi dalla SEQUENZA--> STRUTTURA SECONDARIA a questo punto ho già delle informazioni sulla mia struttura secondaria , inoltre (a pag 3 del primo allegato) ho informazioni su quali possono essere le proteine che piu si avvicinano alla mia struttura , (andando a considerare che il rosso ha la più alta confidence) se clicco sulla c3emlA_ http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/phyre2_output/9025b7f661ea3cc7/aligs/c3emlA_.2.alig.html posso avere anche informazioni sul sito catalitico della mia proteina nella porzione arancione?
QUINDI ho ottenuto informazioni- struttura della proteina- sito catalitico
2) vado sul sito http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/ jpred inserisco il formato fasta (quello visto all'inizio)
METTMGFMDDNATNTSTSFLSVLNPHGAHATSFPFNFSYSDYDMPLDEDEDVTNSRTFFAAKIVIGMALV
GIMLVCGIGNFIFIAALVRYKKLRNLTNLLIANLAISDFLVAIVCCPFEMDYYVVRQLSWEHGHVLCTSV
NYLRTVSLYVSTNALLAIAIDRYLAIVHPLRPRMKCQTATGLIALVWTVSILIAIPSAYFTTETVLVIVK
SQEKIFCGQIWPVDQQLYYKSYFLFIFGIEFVGPVVTMTLCYARISRELWFKAVPGFQTEQIRKRLRCRR
KTVLVLMCILTAYVLCWAPFYGFTIVRDFFPTVFVKEKHYLTAFYIVECIAMSNSMINTLCFVTVKNDTV
KYFKKIMLLHWKASYNGGKSSADLDLKTIGMPATEEVDCIRLK
ottengo (quarto allegato) jpred PDBsapendo che utilizza più metodi di
predizione sulla proteina query di darà una predizione finale mediante il confronto
dei risultati dei singoli metodi.Guardando blast E-value mi da indicazioni sulla significatività dell'allineamento. Quindi il e-value piu basso ha il migliore allineamento1e-31a questo valore fa riferimento questa sigla:
2ksbhttp://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/cgi-bin/jpred_form
Clikko su 2KSB --> http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/2ksb
Adesso per avere ulteriori informazioni sulla mia proteina, sapendo che c3emlA_ e 2KSB sono le proteine piu simili alla mia le vorrei sovrapporre ma non saprei come fare.(hp posso caricare due file pdb con SwissPdbViewer e confrontare le strutture? )Prof.re volevo provare a vedere la stabilità della proteina con https://prosa.services.came.sbg.ac.at/prosa.phpricavo il pdb ma non so dov'è il pdb code e PDB model number.
Questo modo di cercare la struttura secondaria è corretto?
Grazie anticipatamente per la gentile attenzione.
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 25 gennaio 2013 : 11:38:27
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Premesso che non sono professore, ma solo un umile post-doc
Quello che hai fatto è un bel lavoretto, complimenti. Ci sono un paio di cose che non mi tornano. Tu hai lanciato subito Phyre, che è un programma per fare threading, ancora prima di sapere se avresti trovato proteine omologhe.
Un procedura corretta sarebbe quella di fare prima un (psi-)BLAST, vedere dai risultati quali sono le strutture PDB allineate e successivamente, in base al grado di identità/similarità e E-value, stabilire se procedere con l'homology modelling o il threading. Il threading è una tecnica che viene adottata quando non c'è sufficiente similarità per allestire un modello per omologia. Inutile dire che porta con sè una serie di assunti tali che indeboliscono l'affidabilità del modello in confronto con l'homology modelling.
Ad ogni modo dai risultati dell'allineamento non c'è nessun candidato, a mio parere, per fare un modello per omologia. Quindi alla fine la scelta di Phyre si è rivelata azzeccata.
Se ti serve solo un profilo di struttura secondaria io userei anche altri servizi di predizione e cercherei di comparare i profili.
Tu hai buttato fuori un risultato in cui la tua sequenza viene modellata sul templato pdb|3EML|A. Bene, però ricorda che se ci devi anche costruire un modello ti serviranno altri templati, perlomeno per riempire quel buco enorme evidenziato in arancione.
Io proverei ad usare anche altri server. Sfortunatamente il metaserver di bioinfobank sembra non essere più disponibile (un metaserver combina assieme i risultati di più server). Però qui trovi una lista dei tool più noti:
http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Palma2004/TeamPracticals/index1.html
Una volta recuperati gli allineamenti migliori potrai costruire effettivamente il tuo modello usando MODELLER. E solo a questo punto userei PROSA per validare il modello (non ha molto senso usare PROSA per validare delle strutture, ie i templati, che sono già validati da cristallografia).
Se poi vuoi fare degli allineamenti strutturali tra i templati e il tuo modello potresti usare MUSTANG http://www.csse.monash.edu.au/~karun/Site/mustang.html
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http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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sir3n4
Nuovo Arrivato
40 Messaggi |
 Inserito il - 25 gennaio 2013 : 14:39:07
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 Scritto da MolecularLab Mobile
Ok grazie farò tesoro dei consigli dati, è la prima volta che affronto questi programmi quindi vado un pò ad sensum eheh.
Grazie ancora smanetto un po e vediam che succede :)
Grazie ancora! |
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