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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
 Inserito il - 20 dicembre 2006 : 15:35:39
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Premetto che non so assolutamente nulla di bioinformatica!
Ciò che dovrei fare, consiste nel trovare il numero
di esoni di un gene di cui conosco solo il nome, servendomi
(tassativamente!) dell' UCSC Genome Browser.
Ora: io non so assolutamente dove si legga il numero di esoni!
Inoltre dovrei fare questo lavoro sia per il gene human
che il per il gene chimp, e non so come impostare le
condizioni di partenza!  Saranno nella stessa posiz?!
Mi sapreste aiutare?
Fondamentalmente,alla fin delle finite, dovrei blastare i due mRNA...
(mi rendo conto che son cose di base, ma parto proprio da zero! )
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Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
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elisacarli
Nuovo Arrivato
83 Messaggi |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 21 dicembre 2006 : 16:46:14
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thanx a lot |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 24 dicembre 2006 : 03:03:36
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Non e' cosi' semplice conoscere il numero di esoni di un gene, perche' ci sono di mezzo fenomeni biologici come lo splicing alternativo o il non-sense-mediated-decay che permettono di ottenere diverse varianti di trascritti a partire dallo stesso gene.
Molti di questi trascritti non sono nemmeno conosciuti.. cosi' che, quando vai su un genome browser a vedere come e' annotato un gene, ottieni dei risultati parziali relativi agli mRNA conosciuti e catalogati su qualche articolo ed in genere espressi in tessuti e linee cellulari diverse.
I genome browser migliori integrano anche degli strumenti per la predizione di siti di splicing.. questi in genere danno buoni risultati ma si basano anch'essi su cio' che noi conosciamo dello splicing alternativo e possono dare falsi positivi/negativi.
Quindi in definitiva, puoi dire di cercare il numero di esoni di un gene rispetto ad un trascritto, ma non il numero di esoni di un gene in assoluto... non e' un problema della bioinformatica ;)
ps. ti do alcuni consigli:
- leggi il manuale di ucsc!
- un buon database per lo studio dello splicing alternativo e' http://www.fast-db.com/
- se ho capito bene quello che vuoi fare, lo trovi gia' fatto su ensembl. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1915 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2008 : 17:36:57
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Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
Non e' cosi' semplice conoscere il numero di esoni di un gene, perche' ci sono di mezzo fenomeni biologici come lo splicing alternativo o il non-sense-mediated-decay che permettono di ottenere diverse varianti di trascritti a partire dallo stesso gene.
Ciao Dallolio...stavo girovagando alla ricerca di qualcosa....e mi e' apparso questo topic,be' scusami ma devo correggerti in quanto l NMD non permette di ottenere varianti dello splicing ma ha il compito di abbattere i trascritti processati che presentano un PTC ( premature termination codon ),tuttavia c'e' un campo di battaglia molto acceso in questo momento e se ci entriamo( ben corazzati )potremmo introdurre anche il SOS che ha una funzione simile al NMD;inoltre un meccanismo che si pensa esista e che permette splicing alternativi e' il NAS |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 08 dicembre 2008 : 22:28:21
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Hai ragione Patrizio, forse mi riferivo al PTC :)
Questo é un topic vecchio, anche lo stesso database indicato non so quanto sia ancora affidabile.
Grazie per la correzione, comunque, sempre molto utile :) |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1915 Messaggi |
Inserito il - 08 dicembre 2008 : 22:35:35
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de nada |
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