Usa xlim e ylim
Tipo:
plot(1:10, 1:10, xlim=c(0, 10), ylim=c(0, 10))
Per personalizzare gli assi non farglieli plottare in auto (usando xaxt="n" e yaxt="n") e poi usa il comando axis per disegnarlo come vuoi tu
Ad es. in questo grafico l'asse x ha dei valori ogni 3 interi, l'asse y ha delle lettere:
plot(1:15, 1:15, xaxt="n", yaxt="n", xlim=c(0, 15), ylim=c(0,15))
axis(1, at=seq(0, 15, 3))
axis(2, at=0:15, labels=letters[1:16])
Vedi ?axis e ?par per più info