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diuron
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
 Inserito il - 31 maggio 2012 : 18:57:11
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ciao ragazzi, premetto che di statistica non ne so molto..cmq chiedo un vostro parere...
ho valutato in 5 mesi consecutivi il numero di molecole di 16S di un gruppo batterico in pianta. le piante sono suddivise in sane, infette, risanate...(il patogeno non è il batterio di cui ho valutato le copie del 16S..per evitare fraintendimenti).
per ogni stato sanitario della pianta ho valutato 4 campioni (seguiti nei diversi mesi)
sapendo che la variabile patogeno quindi (sana infetta risanata) e i mesi di sicuro non sono indipendenti
a che statistica vi affidereste...
un chi quadro mi direbbe solamente se ci sono o no differenze, ma poi a cosa le imputo allo stato sanitario o ai mesi?
come venirne fuori
tra parentesi mastico qualcosa di spss ma probabilmente non abbastanza
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 06 giugno 2012 : 13:34:12
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Ciao
io però non riesco a capire molto del disegno anche se sembra semplice
puoi fare un esempio di come sono organizzati i dati delle tue osservazioni ?
grazie
Max |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 06 giugno 2012 : 13:52:09
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| Anche per me e' un po' criptico. Se affermi che il 16S non appartiene al patogeno, che tipo di misura utilizzi come indice dello stato di salute della pianta? E' il patogeno ad entrare in competizione diretta con il batterio di cui misuri il 16S, o dipende dallo stato di salute della pianta? |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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diuron
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 06 giugno 2012 : 19:57:40
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allora vediamo se riesco a farmi capire meglio..
ho preso 4 campioni da pianta asintomatica,4 sintomatica e con 4 remissione dei sintomi(è si' accade anche questo nel mondo vegetale) e dal dna estratto da questi 12 campioni ho valutato 1l numero di molecole del gene 16s di un gruppo batterico (in realtà questo esperimento l'ho ripetuto per vari gruppi batterici, ma ho deciso di lasciare i dati separati per evitare ulteriori complicanze). sempre le stesse piante le ho campionate nei 4 mesi successivi ed ho valutato la stessa cosa.
io per ora l'ho analizzata con una anova a due vie valutando con spss..perchè ho l'urgenza di consegnare il riassunto(lo so che probabilmente i dati sono veramente pochi per dire qualcosa)
in realtà forse ho capito che si tratta di un anova con misure ripetute (penso a due vie) ma sia da manuale che con vari tutorial non riesco a venirne fuori....qualcuno per caso sa come farla?e come interpretare i risultati?
oppure appunto indicarmi che è una cosa totalmente sbagliata qualsiasi suggerimento/contestazione è la benvenuta.
sono talmente tirata con la tesi che probabilmente mi sto facendo problemi assurdi..cmq l'analisi statistica penso sia fondamentale non
cannarla in pieno.
grazie mille a chi ha la pazienza di leggere
ah dimenticavo io come indice di stato di salute ho la presenza/assenza di sintomi e cmq non l'ho fatto io ma quelle piante sono state fatte analisi che confermano la presenza,assenza del patogeno.
(come scopo io vorrei sapere se posso dire qualcosa sulla presenza di questi batteri e la loro evoluzione nel tempo in relazione con la la presenza/assenza/remissione dei sintomi...ma questo forse è troppo! ) |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2012 : 09:33:39
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Beh, non hai molti margini di manovra, per tanti motivi:
1. L'analisi statistica non si fa mai alla fine ma all'inizio di uno studio, cioè non si parte con uno studio senza sapere come saranno analizzati i dati, e il come saranno analizzati i dati dipende dalla natura stessa dei dati e dal disegno sperimentale...
l'analisi statistica non vuol dire infilare i dati all'interno del frullatore SPSS e aspettare i risultati...purtroppo!
:-)
2. la dimensione campionaria, oltre a non essere discussa/giustificata, molto probabilmente è piccola
3. Il tuo output è un dato quantitativo su scala discreta, cioè sono conteggi (numero di molecole...se ho capito bene), quindi per definizione non puoi usare metodi parametrici , come l'analisi della varianza ( in questo caso più che una analisi a due vie , pare che sotto ci sia un disegno per misure ripetute...)
molto probabilmente dovresti usare una regressione di poisson, oppure dei modelli log-lineari ...
considerando il poco tempo che hai ti suggerisco di fare quello che hai fatto e considerare il fatto che è bassa la probabilità di incontrare, in commissione di laurea, docenti con adeguate competenze statistiche :-)
in bocca al lupo!
Max
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diuron
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2012 : 10:36:28
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beh il disegno sperimentale nn l'ho fatto io comunque per certe analisi biologiche bisogna limitare tempi e costi(soprattutto)
la dimensione campionaria è sicuramente molto piccola cosa che diroò in discussione
beh il mio output è su scala continua..credo...deriva cmq da tutta un'analisi che ci sta dietro con retta di taratura ecc..ecc
la probabilità di trovare statistici invece è abbastanza elevata
sigh e li' sara na mazzata
cmq se posso sfruttare un minimo la tua conoscenza dell'argomento l'anova a misure ripetute sarebbe a due vie giusto? perchè non ho solo il parametro tempo ma anche lo stato sanitario della pianta che determinano il numero delle mie molecole??
Tmax lo so che non sono una statistica e che uno statistico, come mi è stato, detto "manco la farebbe un'analisi con sti dati"
cmq in qualche modo ne devo venire fuori
grazie comunque
(p.s. bergamasca anche io) |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2012 : 11:11:32
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Citazione:
l'anova a misure ripetute sarebbe a due vie giusto
Non necessariamente. Un'ANOVA a due vie analizza due fattori. Ad es. hai due specie diverse di animali e misuri qualcosa in animali controllo o iniettati con un farmaco. In questo caso hai 2 parametri: la specie e la presenza del farmaco.
Un'ANOVA a misure ripetute è un trattamento che si fa quando analizzi lo stesso soggetto più volte.
Ad es. misuro il livello di un composto nel sangue di alcuni pazienti ogni ora nel corso di una giornata.
Non è corretto fare semplicemente un'ANOVA ad una via considerando il fattore tempo, perchè il fatto di usare sempre gli stessi pazienti per tutti i punti può portare a dei valori falsati (es. se un paziente ha valori di base molto alti per il composto). Nel gergo dei modelli lineari il paziente viene definito un "fattore random" (mentre il tempo è un fattore fisso).
Qui avevo messo una spiegazione di cosa sia un modello lineare:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=20326&whichpage=2#92410
(nota: il resto di quella discussione è a tratti confusionario, ma la spiegazione dei modelli lineari la salviamo  )
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2012 : 13:11:22
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Se in commissione c'è chi ci capisce di statistica, allora apprezzerà una onesta descrizione dei dati senza nessuna pretesa di analisi.
Personalmente ti consiglio quindi, di fare una presentazione grafica dei tuoi dati, tipo dei boxplot per gruppi e nei tempi diversi, in cui è visibile la distribuzione delle tue osservazioni. Non fare nessuna analisi, premettendo che lo scarso numero di osservazioni limita notevolmente qualsiasi tentativo di inferire i risultati alla popolazione target. Proponi i tuoi risultati nell'ottica di uno studio conoscitivo, commentando i grafici e speculandoci sopra, dicendo che dai risultati ottenuti è possibile generare delle ipotesi di lavoro su cui implementare studi più accurati dal punto di vista della dimensione campionaria...
da biostatistico apprezzerei molto una presentazione dei dati in questo modo.
:-)
Max
Citazione:
Messaggio inserito da diuron
beh il disegno sperimentale nn l'ho fatto io comunque per certe analisi biologiche bisogna limitare tempi e costi(soprattutto)
la dimensione campionaria è sicuramente molto piccola cosa che diroò in discussione
beh il mio output è su scala continua..credo...deriva cmq da tutta un'analisi che ci sta dietro con retta di taratura ecc..ecc
la probabilità di trovare statistici invece è abbastanza elevata
sigh e li' sara na mazzata
cmq se posso sfruttare un minimo la tua conoscenza dell'argomento l'anova a misure ripetute sarebbe a due vie giusto? perchè non ho solo il parametro tempo ma anche lo stato sanitario della pianta che determinano il numero delle mie molecole??
Tmax lo so che non sono una statistica e che uno statistico, come mi è stato, detto "manco la farebbe un'analisi con sti dati"
cmq in qualche modo ne devo venire fuori
grazie comunque
(p.s. bergamasca anche io)
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diuron
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 12 giugno 2012 : 20:50:45
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tra l'altro secondo voi in che modo si potrebbe vedere/testare se i campioni(piante diverse)prelevati nello stesso mese e con lo stesso stato sanitario possano essere considerate effettivamente delle repliche...ovviamente presumo dal risultato delle mie molecole del 16S...le medio e potrei considerare lo scarto dalla media...ma poi? scusate ma è un dubbio che mi ronza...
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