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_WS_
Nuovo Arrivato
Città: Jyvaskyla (FIN)
15 Messaggi |
 Inserito il - 13 giugno 2012 : 11:15:54
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Salve a tutti, ho un problema piccolo, che però mi tiene bloccato da giorni.
Lavoro con un batterio che mostra pigmentazione con una certa frequenza: quindi se effettuo una semina in Agar, alcune colonie saranno pigmentate e altre no. Devo stimare la frequenza di pigmentazione.
I dati che ho a disposizione sono semplicemente il numero di colonie pigmentate e quelle non pigmentate (quindi di conseguenza pigmentate su totali, in un numero di piastre petri che ho preparato per avere un campione sufficiente.
Mi è stato detto di usare SPSS, ma chi mi ha imposto questo non ha la minima idea di come usarlo.
Come procedo? Perchè con excel potrei sommare semplicemente le colonie nelle varie piastre e calcolare il rapporto, oppure calcolare la frequenza piastra per piastra e farne la media. Non so se SPSS mi darà info aggiuntive, come un'eventuale stima dell'errore sul calcolo.
Grazie
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
 Inserito il - 13 giugno 2012 : 15:39:55
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Beh... se vuoi semplicemente una frequenza non c'è bisogno di scomodare SPSS...
Se vuoi fare un'analisi statistica ad es. tra diverse condizioni di crescita allora un software statistico ti può sicuramente essere utile. Su SPSS non so aiutarti, personalmente uso R, ma ribadisco se vuoi solo fare un rapporto ti basta una calcolatrice... |
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_WS_
Nuovo Arrivato
Città: Jyvaskyla (FIN)
15 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2012 : 01:41:49
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No stavo pensando alla stima di un errore sul calcolo di quella frequenza, un po' come in fisica alle superiori si stima l'errore su una regressione.
Grazie per la risposta, mi tocca però aggiungere una nuova domanda.
Ho lavorato con un batterio che presenta una pigmentazione rossa: si voleva verificare se la pigmentazione cambiasse in relazione al pH del terreno liquido di crescita. Per far questo mi hanno fatto preparare terreni con ph diversi, su cui è stato fatto crescere il batterio per 48h. Ogni terreno è stato posto in quelle piastre con 24 pozzetti che si usano in microbiologia (8 pH da 4 a 11, replicato 10 volte)e seminato lo stesso ammontare del batterio.Poi (tenetevi forte perchè...beh mi vergogno a scriverlo) sono state fatte delle fotografie alle piastre, con un cartoncino con tutti i colori standard per il bilanciamento del bianco, bilanciato il bianco e poi con il software imageJ misurato il colore nell'area di ogni pozzetto. In pratica ho selezionato un'area in ogni pozzetto e sono andato a vedere l'ammontare delle componenti RGB!!!
L'idea è che se il pigmento è rosso, allora la componente rossa sarebbe dovuta cambiare a diversi pH (il colore dei terreni dopo la crescita era effettivamente diverso per diversi pH).
Ora, tralasciando il fatto che le componenti blu e verde variano sensibilmente e quella rossa è praticamente costante, come posso analizzare secondo voi se le differenze tra i pozzetti sono significative?
Ho agito così: per ognuno dei 8x10=80 pozzetti ho misurato le componenti RGB, inoltre le ho misurate anche per il corrispondente "blank", cioè i terreni, a diversi pH, dove non c'era stata semina. Ho sottratto i valori di ogni campione da quelli del blank con lo stesso pH, in modo da calcolare la differenza in colore portata dalla crescita batterica...e ora non so più che fare.
Ad es. per pH 5 le 10 repliche hanno una certa differenza per il canale rosso rispetto al loro bianco, per ph6 ne hanno un'altra.
Ho pensato di calcolare la differenza percentuale tra Rosso del pozzetto e rosso del bianco, fare la media per le 10 repliche, quindi far girare una qualche analisi statistica tra i 10 valori di "incremento percentuale medio di rossore" in cerca di una significatività statistica. Mi sapreste indicare con che statistica analizzarlo?
Mado', sto per mettere sta roba in tesi...ragazzi informatevi sempre bene con chi andate a lavorare. Spesso comunque non basta  |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 25 giugno 2012 : 09:48:10
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Scusa,
ma perchè vuoi cercare una significatività statistica?
L'analisi statistica si fa per testare una ipotesi
dovresti prima formulare una ipotesi testabile statisticamente.
TMax  |
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elisacarli
Nuovo Arrivato
83 Messaggi |
Inserito il - 27 giugno 2012 : 15:12:25
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Il metodo che usi te se ho capito bene il problema non è corretto.
Devi digitalizzare la mappa e quindi ti ci vuole un software ad hoc.
Ammesso che il pozzetto è di forma circolare, per ogni pozzetto devi ricavare il valore medio dell'intensità dei pixel. Non puoi basarti su quello di un singolo pixel.
Una volta digitalizzata la matrice puoi fare un analisi ANOVA, dove il ph è il fattore e così puoi vedere se la differenza di Ph è signficativa per la crescita del batterio.
Per il problema sulla frequenza puoi usare una tabella di contingenza e poi eventualmente cercare significatività con un test del chi quadro |
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Semplice analisi statistica su frequenza colonie batteriche
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