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biotool
Nuovo Arrivato
97 Messaggi |
 Inserito il - 03 luglio 2012 : 17:53:44
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Ciao a tutti! Sto studiando la localizzazione di metastasi cerebrali utilizzando un modello in vivo. Brevemente, le cellule tumorali esprimono GFP, ho effettuato sezioni saggittali del brain e valutato la florescenza al microscopio. Ho fatto delle foto in multispectral imaging e ho individuato diverse metastasi. Vorrei fare una ricostruzione in 3D per evidenziare la localizzazione di questi foci, pero' non so quanto sia fattibile. Avete dei consigli da darmi? Ci sono software che mi consentono di farlo? e' un argomento nuovo per me e sto cercando di documentarmi, qualsiasi suggerimento sara' prezioso.
Grazie!
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 18:11:26
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Molto interessante! puoi dirci di più? di che
Purtroppo non so aiutarti con l'imaging, ma sto
giusto addentrandomi in un progetto di questo tipo! |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 18:13:01
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| All'ultimo BITS di Catania ho assistito ad un talk veramente impressionante su cosa si può fare nel campo della bioimage informatics, anche se ovviamente non ho capito tutto. Prova a cercare su PubMed i lavori pubblicati da questo Eugene Myers del Janelia Farm per quanto riguardo lo stato dell'arte di questi metodi. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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biotool
Nuovo Arrivato
97 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 18:17:58
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Grazie Korda, cerco subito!
Dionysos, cosa ti interessa in particolare? |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
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biotool
Nuovo Arrivato
97 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 18:33:22
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Ahah, roba grossa!
Io mi accontento di molto meno, ci fosse ad esempio un open software o qlc del genere..il mio problema in particolare e' il come andare inserire le metastasi individuate in una ricostruzione del mouse brain in 3d |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 21:03:43
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Volevo dire: di che modello si tratta?
è una linea cellulare? o un campione primario? |
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biotool
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97 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 21:53:31
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| Ah ok! coltura primaria di cellule tumorali da paziente con breast cancer |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 22:00:15
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Di che tipo di immagini si tratta? E di che scala stiamo parlando? Vuoi una ricostruzione del cervello intero, o di una fettina, o...?
Per cose di base ImageJ basta, per cose più avanzate un software tipo Imaris o Metafluor può essere più utile.
Sicuramente il link dato da kORdA è ottimo, ma conta che la Janelia Farm è praticamente il top mondiale per quanto riguarda l'imaging, quindi è spesso difficile ripetere quello che fanno se non hai l'equipment che hanno loro.
Comunque se ci dai un po' più di info magari possiamo darti risposte più specifiche. |
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biotool
Nuovo Arrivato
97 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 22:11:17
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Grazie chick!
Allora, vorrei ottenere la ricostruzione di un emisfero, attraverso sezioni saggitali dallo spessore di 80 uM, che ho preparato appunto per individuare le metastasi. Con l'attuale esperimento intendo piccoli cluster di cellule, le dimensioni sono piuttosto ridotte. Ho pensato a ImageJ, utilizzato in passato per altre cose, solo che dovrei avere una foto globale per ogni sezione giusto? Io ho foto a 5x e 10x ma solamente per i campi dove ho individuato le cellule tumorali. cioe' la mia idea era, sapendo dove le ho individuate, poterle inserire in una ricostruzione in 3D, non utilizzando cosi le miei foto diciamo, ma non so se e' fattibile.
Hai idee o consigli migliori? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 03 luglio 2012 : 22:39:32
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Possibile? Sì, ma viste le immagini che hai richiederebbe di creare del software ad hoc.
Il problema maggiore avendo delle fettine è che avrai delle distorsioni dovute al taglio, e questo rende l'allineamento delle varie immagini piuttosto complicato. Se poi le immagini sono solo parziali la cosa diventa ancora più complessa.
Noi al momento abbiamo un progetto di imaging a larga scala per il quale usiamo un microscopio che abbiamo "fuso" ad un vibratomo, in modo da poter prendere uno stack-z di tutta la superficie, poi tagliare una fettina più fine dello stack e prendere un'immagine successiva etc.
Questo ci permette di avere delle zone di overlap che poi ci servono per riallineare le immagini.
Conta che sono processi piuttosto pesanti. Al momento noi usiamo del software scritto in Matlab che facciamo andare su una grid qui all'università e i tempi di calcolo sono comunque piuttosto elevati.
Secondo me la cosa migliore sarebbe semplicemente mapparli "a mano" approssimativamente su un modello 3D di cervello di topo. L'ho usato molto tempo fa, quindi non so se permetta di fare un highlight di specifiche regioni, ma forse Brain Explorer può essere un punto di partenza.
http://mouse.brain-map.org/static/brainexplorer
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biotool
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97 Messaggi |
Inserito il - 04 luglio 2012 : 01:18:03
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Esatto chick, anche secondo me mapparli "a mano" e' l'ideale, anche perche' non richiedo un'accuratezza elevata che cmq non potrei avere.
Ho installato BrainExplorer2 per capire se puo' essermi utile solo che non riesco ad aprirlo (OpenGL error 1285: out of memory in gen textures), non gira sul mio portatile (window 7 home premium 64-bit SP1, intel-core i5, 6 gb ram, intel HD graphics family)
questi sono i requisiti minimi
•Operating System: Microsoft Windows XP
•CPU: Intel Core Duo or AMD 1.8GHz
•System Memory: 1GB
•Graphics Card: Hardware 3D OpenGL accelerated AGP or PCI Express with 64MB RAM
•Screen: 1024x768, 32-bit true color
•Hard Disk: 200MB free space
Direi che la scheda grafica che ho non va bene.. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 04 luglio 2012 : 08:01:55
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Hmmm credo sia più probabile un problema di 64bit, la tua scheda grafica dovrebbe essere al di sopra di quei requisiti minimi.
Non usando Windows, però, non so dirti se sia possibile far qualcosa a riguardo sorry. |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 04 luglio 2012 : 11:35:46
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Citazione:
Ah ok! coltura primaria di cellule tumorali da paziente con breast cancer
Interesting. Quindi riesci a trasdurre campioni primari e ad
avere una buona quantità di GFP+? e tra l'altro metastatizzano
in vivo già al primo passaggio?
E' molto interessante, non c'è molta letteratura a riguardo di
questi campioni primari. Ma provengono dal tumore primario?
o da versamenti sierosi? |
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biotool
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97 Messaggi |
Inserito il - 04 luglio 2012 : 14:13:55
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Utilizzo cellule provenienti da essudato pleurico, si non e' stato facile trasfettarle....si tratta di un raro tipo di breast cancer, in clinica molto aggressivo, per la valutazione delle metastasi in vivo effettuiamo una intracardiac injection. Tu di cosa ti occupi?
Grazie Chick delle info.
Qualcuno che usa BrainExplorer con Window sa aiutarmi? (non sono molto ferrato in informatica!) |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 05 luglio 2012 : 13:09:14
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Pure io sto cercando di stabilire un modello da effusioni pleuriche, ortotopico,
anche se solo raramente abbiamo accesso a campioni aggressivi come i triplo negativi.
Immagino che con intracardiac injections tu abbia metastasi in molti più organi
rispetto a un modello spontaneo. Anche tu le transfetti in un mammosphere medium? |
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biotool
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97 Messaggi |
Inserito il - 05 luglio 2012 : 17:18:55
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Sto cercando di capire come riuscire a farlo girare ma non ci sto riuscendo..cercando info su questo errore sembra essere effettivamente non un problema di saturazione di memoria ma di compatibilita' 64-32 bit, pero' cosa posso cambiare?
Dionysos, se vuoi possiamo discuterne e confrontarci volentieri, io non sono un esperto in questo tipo di ricerca ma ho iniziato e portato avanti questo progetto e mi sta decisamente coinvolgendo, magari mandami un mp, anche perche' l'argomento e' off-topic. |
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biotool
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97 Messaggi |
Inserito il - 05 luglio 2012 : 20:25:44
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Ok, problema risolto ora riesco a far girare il programma. Sembra molto interessante anche se devo ancora capire se e' possibile utilizzarlo per il mio scopo.
Giusto per curiosita' Chick, a te per cosa e' servito? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
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brain mapping of metastases
Didattica e Relazioni
