Identificazione gene a partire da proteina?

Forum

Registrati Discussioni Recenti Preferiti Utenti Cerca Regolamento RSS Statistiche

Utilità

I libri
consigliati:

Genoma. L'autobiografia di una specie in ventitre capitoli
Matt Ridley

Biodiversità, estinzione e conservazione. Fondamenti di ecologia del paesaggio
Autori Vari

Darwin
John Bowlby

Altri Libri

Nome Utente:	Password:
Riconoscimi automaticamente

Tutti i Forum

MolecularLab

Biologia Molecolare

Identificazione gene a partire da proteina?

Nuova Discussione

Nuovo Sondaggio

Rispondi

Aggiungi ai Preferiti

Cerca nelle discussioni

Risorse di Biologia Molecolare:

Didattica

Blog Inside the Cell

Protocolli

Siti di Biologia Molecolare e Tecniche

Quiz

Ultime notizie

Aggiungi i tag

Quanto è utile/interessante questa discussione:

Autore

Discussione

Dr Lopez
Utente Junior

141 Messaggi

Inserito il - 18 luglio 2012 : 18:00:56

Ciao a tutti... Non ho compreso una cosa riguardo all'identificazione del gene di una libreria genomica a partire dalla proteina che viene prodotta... Allora parto dalla proteina X e mi interessa conoscere il gene che la codifica. Digerisco con proteasi, separo i peptidi, cerco una regione a bassa ridondanza (ricca di triptofano, metionina, ecc.) e a questo punto ho una serie di possibili sequenze complementari al gene di interesse, che chiamo sonde... Ma non ho capito: devo tentare di ibridare una alla volta tutte le sonde (screening della library) e quella che ibrida con il gene è quella che mi interessa? Oppure a partire dalle possibili sequenze delle varie sonde vado a cercare con qualche programma informatico qual è il gene a cui corrispondono???

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Città: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 19 luglio 2012 : 09:13:54

Sono due metodi complementari. Il primo, lo screening della library, mi sembra dispendioso in termini di tempo e denaro quindi lo farei soltanto dopo aver fatto una ricerca bioinformatica, il secondo metodo appunto.
L'approccio bioinfo più spartano sarebbe quello di fare un translated BLAST della tua sequenza amminoacidica, vedere se c'è qualche sequenza UniProt/RefSeq che allinea bene quindi usare un genome browser per vedere dove mappa il gene allineato.

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada