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Discussione |
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chiarwen
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: Roma
28 Messaggi |
 Inserito il - 17 gennaio 2007 : 19:21:02
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Ciao a tutti!!!
mi sono appena iscritta al vostro splendido forum (che in realtà già consultavo ) per chiedere aiuto... C'è qualcuno che può spiegarmi in cosa consiste la tecnica del Gene Trapping? Non la trovo su nessuno dei miei libri (e le slides del mio professore sono troppo sintetiche per partire da zero...), né qui sul forum... in giro ho trovato l'exon trapping, ma non credo si tratti della stessa cosa e comunque non l'ho capita! Sicuramente mi è sfuggito qualcosa, e sono sicura che c'è qualcuno che può segnalarmi un link utile per una che non ne sa nulla
Grazie mille in anticipo a tutti!!!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 18 gennaio 2007 : 00:44:25
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Intanto ti consiglio questa review che è molto chiara e spiega bene il tutto:
Hunting with Traps: Genome-Wide Strategies for Gene Discovery and Functional Analysis -
Genome Res., Durick et al. 9 (11): 1019. (1999)
Te lo spiego in breve, semplificando un po' la cosa.
In pratica l'idea è di cercare di capire la funzione di un gene inserendoci un pezzo di DNA estraneo solitamente con all'interno un reporter (es. GFP o lac o quel che vuoi tu)
Supponi di avere un gene con 3 esoni:
----Prom-SD---SA-Ex1-SD--------------SA-Ex2-SD------------SA-Ex3-pA------
Dove Prom è il promotore, Ex1, Ex2 ed Ex3 sono i 3 esoni, circondati da SA (splicing acceptor) e SD (splicing donor) che sono i siti di splicing. Gli introni si trovano fra un sito SD e un sito SA.
pA è il sito di poliadenilazione alla fine del gene.
Ora, se tu crei un costrutto fatto così:
SA----REPORTER----pA
e lo inserisci nel genoma puoi andare a beccare un introne e succederà questo
----Prom-SD---SA-Ex1-SD---SA-Rep-pA----SA-Ex2-SD------------SA-Ex3-pA------
Quando il gene sarà trascritto si fermerà prima dell'esone 2 e formerà una proteina di fusione col tuo reporter.
Conclusione: se fai questo in un topo/drosophila/arabidopsis/lievito/quello che vuoi tu puoi andare a vedere ad es mutazioni fenotipiche, mappare in che tessuti/cellule manca il tuo gene (e viene espresso il reporter), fare test farmacologici e vedere differenze con l'organismo wild type etc. A questo punto rintracci dove è andato a finire il tuo reporter nel genoma e puoi collegare il gene alla funzione etc etc etc.
Esistono anche dei consorzi, come l'IGTC che raccolgono migliaia di linee gene-trapped disponibili ai ricercatori (di solito hanno linee ES).
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chiarwen
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: Roma
28 Messaggi |
Inserito il - 18 gennaio 2007 : 08:31:16
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| ti ringrazio moltissimo!!!! ora è tutto chiaro!!! |
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Shasa
Nuovo Arrivato
12 Messaggi |
Inserito il - 08 settembre 2007 : 17:03:02
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| è giusto dire che per isolare il gene in cui si è inserito il vettore posso fare la RACE 3' del cDNA di fusione? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 08 settembre 2007 : 22:29:36
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| Sì, direi di sì. Visto che sai che ad un'estremità c'è il reporter userai primer specifici per quello e poi primer random per l'altra regione. |
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SalviamoColi
Nuovo Arrivato
Prov.: Bo
Città: Bologna
1 Messaggi |
Inserito il - 18 settembre 2008 : 17:28:32
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ciao a tutti! Ho l'esame di genetica molecolare giovedi e ancora non sono riuscita a capire perchè l'integrazione del vettore con il reporter è casuale se sto andando a fare delle mutazioni per vedere la funzione di ogni gene. Nel senso: se analizzo il fenotipo dopo aver mutato un gene che però non so quale sia, cosa me ne faccio?
Come faccio a trovare la posizione in cui si è inserito il vettore e quindi la posizione del gene che ho inattivato?
Aiuto!!
Claudia |
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Giulietta_BCM
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
Inserito il - 18 maggio 2009 : 11:27:45
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Ciao a tutti sono una studentessa di Biologia molecolare !!
Volevo informazioni sul metodo del gene trapping con Victr-3 e Victr-20 .
grazie!! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
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Giulietta_BCM
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2009 : 17:22:54
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ti ringrazio! quelle sono le dispense del mio professore di ingegneria genetica e non si capisce molto !! nello specifico volevo sapere perchè Victr-3 non si può integrare in una regione regolativa in seguito a trasfezione e se faccio un gene trapping con con il vettore Victr-20 come faccio ad isolare il gene .
grazie!! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 20 maggio 2009 : 23:31:51
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Beh non so se Victr-3 non si possa di fatto integrare in regioni regolatorie, ma sta di fatto che non funzionerebbe. Per funzionare ha bisogno di essere integrato all'interno di un gene, ha il promotore e il sito donatore di splicing, ma gli serve un sito accettore e un segnale di poliadenilazione.
Se fai un gene trapping con Victr-20 (come vedi anche dalla figura delle dispense del tuo prof) hai un trapping sia al 3' che al 5' (è come se dividessi il gene in 2 parti)
fai una 3' RACE e una 5' RACE.
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otteromakire
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
Inserito il - 10 luglio 2009 : 16:39:10
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Intanto ti consiglio questa review che è molto chiara e spiega bene il tutto:
Hunting with Traps: Genome-Wide Strategies for Gene Discovery and Functional Analysis -
Genome Res., Durick et al. 9 (11): 1019. (1999)
Te lo spiego in breve, semplificando un po' la cosa.
In pratica l'idea è di cercare di capire la funzione di un gene inserendoci un pezzo di DNA estraneo solitamente con all'interno un reporter (es. GFP o lac o quel che vuoi tu)
Supponi di avere un gene con 3 esoni:
----Prom-SD---SA-Ex1-SD--------------SA-Ex2-SD------------SA-Ex3-pA------
Dove Prom è il promotore, Ex1, Ex2 ed Ex3 sono i 3 esoni, circondati da SA (splicing acceptor) e SD (splicing donor) che sono i siti di splicing. Gli introni si trovano fra un sito SD e un sito SA.
pA è il sito di poliadenilazione alla fine del gene.
Ora, se tu crei un costrutto fatto così:
SA----REPORTER----pA
e lo inserisci nel genoma puoi andare a beccare un introne e succederà questo
----Prom-SD---SA-Ex1-SD---SA-Rep-pA----SA-Ex2-SD------------SA-Ex3-pA------
Quando il gene sarà trascritto si fermerà prima dell'esone 2 e formerà una proteina di fusione col tuo reporter.
Conclusione: se fai questo in un topo/drosophila/arabidopsis/lievito/quello che vuoi tu puoi andare a vedere ad es mutazioni fenotipiche, mappare in che tessuti/cellule manca il tuo gene (e viene espresso il reporter), fare test farmacologici e vedere differenze con l'organismo wild type etc. A questo punto rintracci dove è andato a finire il tuo reporter nel genoma e puoi collegare il gene alla funzione etc etc etc.
Esistono anche dei consorzi, come l'IGTC che raccolgono migliaia di linee gene-trapped disponibili ai ricercatori (di solito hanno linee ES).
Ciao! La stessa spiegazione vale anche per l' exon trupping? |
"Illsuioni" Apogeo Editore di cui sono AUTRICE! :-)
Maggiori informazioni a questo indirizzo http://www.myspace.com/otteromakire |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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otteromakire
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
Inserito il - 11 luglio 2009 : 15:25:12
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Sì, è essenzialmente la stessa cosa.
anche perché l'esone è contenuto in un gene....quindi la tecnica ha lo stesso scopo no?
scusami, ma la prof.... |
"Illsuioni" Apogeo Editore di cui sono AUTRICE! :-)
Maggiori informazioni a questo indirizzo http://www.myspace.com/otteromakire |
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andreaj1984
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
Inserito il - 21 gennaio 2010 : 12:10:01
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Ciao a Tutti..volevo fare intanto i complimenti a chi ha messo su questo portale...ho avuto molti benefici leggendo le varie risposte.
Ora però avrei una domanda...scusate se magari sembrerà ovvia, ma mi sto immergendo solo ora nel campo della biologia molecolare.
Prima si parlava di gene trapping, volevo sapere se qlc poteva spiegarmi il caso con la cassetta B-geo dove è stata fusa la sequenza lacZ con Neo.
grazie ancora dell'aiuto!!! |
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Gene Trapping
Didattica e Relazioni
