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Zanna
Nuovo Arrivato


Prov.: Lecco


33 Messaggi
Inserito il - 19 gennaio 2007 : 14:49:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Zanna Invia a Zanna un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

ciao,

sto usando BLAST in locale. E' molto veloce e mi trovo bene, ma nel pacchetto la documentazione è scarsissima. In rete non ho trovato molto di più. Possibile?

Qualcuno mi sa consigliare una buona risorsa?

Grazie!

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 19 gennaio 2007 : 17:16:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Questa e' una buona risorsa su blast e sull'allineamento di sequenze:
http://wikiomics.org/wiki/BLAST

Se hai voglia di provare cose da web 2.0 (cosa sto dicendo? ), puoi cercare su connotea: http://www.connotea.org/tag/blast o su wikipedia.

In ogni caso la guida migliore per blast (anche la versione in locale) secondo me e'quella di ncbi: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html

Se riesco piu' tardi te ne posto altre.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Zanna
Nuovo Arrivato


Prov.: Lecco


33 Messaggi
Inserito il - 25 gennaio 2007 : 17:19:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Zanna Invia a Zanna un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

grazie dallo,

ne approfitto per chiederti un'altra cosa.

Sto allineando 2-8 geni per volta su un contig che va da 2 a 10 Kbasi.

dato che i vari geni trovano il loro match in posizioni differenti del contig non posso usare un programma di allineamento multiplo, cosa mi consiglieresti di usare? Glimmer fa questo genere di operazione?

grazie!
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Zanna
Nuovo Arrivato


Prov.: Lecco


33 Messaggi
Inserito il - 05 marzo 2007 : 11:03:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Zanna Invia a Zanna un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
dallo,

mi sono andato a vedere questa documentazione che mi hai suggerito, la risorsa all'NCBI già l'avevo guardata, ma non ho trovato praticamente nulla per il local BLAST.

C'è un tutorial per WU-BLAST: http://blast.wustl.edu/

Qui c'è sicuramente quello che cerco, ma non è una risorsa esattamente free.. http://www.oreillynet.com/pub/a/oreilly/bio/news/BLAST.html?CMP=&ATT=887

Questa invece è la migliore risorsa che ho trovato per i miei scopi (non filtrare le Low Complexity Regions e ottenere ulteriori HSPs quando query e db contengono repeats polimorfici): http://biochem.otago.ac.nz/resource/blast_doc.html

forse può essere utile anche ad altri..
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 05 marzo 2007 : 18:03:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
mmm hai provato con la documentazione in /usr/share/docs/blast2?
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Zanna
Nuovo Arrivato


Prov.: Lecco


33 Messaggi
Inserito il - 06 marzo 2007 : 12:34:14  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Zanna Invia a Zanna un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

si dallo,

è la stessa che trovi in 'directory_installazione'/blast/blast/doc

a mio avviso è molto stringata..
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