| Autore |
Discussione |
|
|
AC
Nuovo Arrivato
45 Messaggi |
 Inserito il - 22 gennaio 2007 : 20:54:33
|
Ciao a tutti!
qualcuno usa o sa dirmi qualcosa su:
-DD-PCR
-Sau PCR?
grazie buona serata!
|
|
|
|
|
GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2007 : 01:39:59
|
DD-PCR è il differential display e ne abbiamo parlato qui:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=2310
SAU-PCR è una tecnica basata sulla digestione del DNA genomico con l'endonucleasi di restrizione Sau3A, seguita da amplificazione con un primer costruito sul sito di restrizione dell'enzima stesso. Viene utilizzata per raggruppare ceppi batterici in base al profilo di amplificazione.
L’articolo originale è questo:
Corich V, Mattiazzi A, Soldati E, Carraro A, Giacomini A.
Sau-PCR, a novel amplification technique for genetic fingerprinting of microorganisms.
Appl Environ Microbiol. 2005 Oct;71(10):6401-6.
http://aem.asm.org/cgi/content/full/71/10/6401 |
 |
|
|
AC
Nuovo Arrivato
45 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2007 : 19:33:28
|
Grazie mille!
Mi leggerò subito l'articolo, ma mi sorge subito una domanda: sai perchè bisogna usare proprio Sau? Ci sono altri enzimi con cui si può adottare un simile procedimento?
Grazie in anticipo!
Buona serata! |
|
|
|
GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 25 gennaio 2007 : 17:01:18
|
Ciao,
se hai letto l'articolo penso tu abbia già trovato le risposte.
Comunque in linea generale sarebbe possibile utilizzare altri enzimi, se poi qualcuno l'abbia fatto non saprei!
Nell'articolo spiegano i motivi per cui hanno scelto Sau3A e sono questi:
1. Il sito di riconiscimento, GATC, è di 4 bp e ha una percentuale di G+C del 50% e questo fa si che produca molti piccoli frammenti dalla digestione del DNA totale di molti microorganismi.
2. genera sticky ends con 4 basi sporgenti e questo fa si che tutta la sequenza GATC rimanga su un lato del filamento di DNA tagliato, questo è stato sfruttato per disegnare i primers per la PCR che contengono tutti questa sequenza “GATC” centrale, i primers sono disegnati in questo modo:
- hanno una coda di 7 nucleotidi CCGCCGC al 5’ che non si appaia durante il primo ciclo (ma contenendo solo G e C fa si che la temperatura di melting sia più elevata e aumenta la sringenza per i cicli successivi!)
- contengono la sequenza centrale GATC
- hanno 1 o più nucleotidi specifici al 3’ (aumentando il numero di nucleotidi specifici si aumenta la specificità e vengono amplificate meno sequenze)
es. CCGCCGCGATCAT |
|
|
|
AC
Nuovo Arrivato
45 Messaggi |
Inserito il - 26 gennaio 2007 : 20:42:00
|
Beh non so che dire, non arei potuto trovare spiegazione migliore!
Grazie!!!!
Ciao  |
|
|
|
rachfil
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
Inserito il - 15 aprile 2007 : 16:31:26
|
ciao io c'ho fatto la tesi di dottorato usando la Sau, nello stesso lab dov'è stata messa a punto.. che ti serve sapere che l'articolo non ti ha saputo dire?
sono a disposizione
ciao
|
|
|
| |
Discussione |
|
DD-PCR/Sau PCR [era: tecniche]
Didattica e Relazioni
