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_biotecnology_
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
 Inserito il - 30 settembre 2012 : 16:56:17
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ciao a tutti sono nuova e sto preparando l'esame di bioinformatica..sono agli inizi e sto avendo problemi col concetto di identità e similarità nell'allineamento di sequenze!!!...qualcuno potrebbe spiegarmi la differenza????grazieeee
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 30 settembre 2012 : 22:14:36
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Per identità si intende che un residuo particolare è, appunto, identico alla medesima posizione nelle sequenze allineate.
Due residui sono invece simili sulla stessa posizione quando condividono caratteristiche tali per cui non c'è una sostanziale differenza tra i due. Se, ad esempio, due sequenze amminoacidiche portano alla stessa posizione una leucina o una isoleucina si dicono simili in quanto entrambi i residui sono idrofobici e hanno più o meno lo stesso ingombro sterico.
Più in generale, come c'è scritto pure su Wikipedia alla voce sequence alignment:
Citazione:
the degree of similarity between amino acids occupying a particular position in the sequence can be interpreted as a rough measure of how conserved a particular region or sequence motif is among lineages
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http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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_biotecnology_
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 01 ottobre 2012 : 15:34:50
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| grazie milleeeeeeeeeeeeee.....sei stata/o di vero aiutooooo...spero che nn ti dispiaccia se ti faccio un'altra domanda...nell'allineamento con matrice di punti parliamo di window size e valore soglia(t)..credo di avere capito ma nn sono sicura potresti dirmi qualcosa a riguardo???grazie ancora |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
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_biotecnology_
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 02 ottobre 2012 : 15:50:40
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| Allora premetto che sn agli inizi ho capito che cn window noi ci riferiamo al tipo di allineamento ad esempio se abbiamo una window=1 noi ci riferiamo ad un allineamento base x base mentre se abbiamo una window=2 vuol dire che ci riferiamo ad un allineamento di coppie di basi e aumentando la window diminuisce il rumore di fondo permettendo di individuare la diagonale di similarità delle due sequenze.Per quanto riguarda t o valore soglia sn ancora più dubbiosa..credo che un valore soglia ad esempio del 100% si riferisca alla fedeltà dell'allineamento...é un casino anche xchè nn ho seguito il corso...;( |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 02 ottobre 2012 : 16:16:13
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Beh direi che sulla prima ci siamo. Viene indicata la dimensione della finestra mobile su cui procede l'algoritmo di allineamento.
Il valore di soglia (threshold) indica invece la probabilità di trovare, utilizzando un pezzo di sequenza totalmente casuale, un match perfetto sulla sequenza da allineare. Di conseguenza, se la probabilità è elevata (oltre la soglia t) quel match non può essere considerato come rilevante ai fini dell'allineamento.
Comunque se provi ad andare sulla pagina di BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi trovi nell'help quello che ho scritto qui, più o meno, più i dettagli relativi agli altri parametri da prendere in considerazione. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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_biotecnology_
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 02 ottobre 2012 : 16:31:59
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| grazie mille sei stato gentilissimo.....;) |
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_biotecnology_
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
 Inserito il - 15 ottobre 2012 : 12:37:30
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ciao scusami se ti disturbo nuovamente ma ho dei dubbi assurdi e mi sn praticamente bloccata su qst cose:
1)ho capito che ogni programma si basa su un algoritmo,ma precisamente cosa sn qst algortmi???sul sito del prof sta scritto che sn la descrizione delle procedure utilizzate nel programma
2)le matrici che introduciamo nei programmi ad esempio le matrici di punteggio pam e blosum cosa sono???
3)le fasi dell'algoritmo fasta e blasta..sn spiegate malissimo potresti riassumerle??
sto in una confusione totale e anche le cs più ovvie mi sembrano strane...:S |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 15 ottobre 2012 : 12:49:27
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Citazione:
Messaggio inserito da _biotecnology_
1)ho capito che ogni programma si basa su un algoritmo,ma precisamente cosa sn qst algortmi???sul sito del prof sta scritto che sn la descrizione delle procedure utilizzate nel programma
totale e anche le cs più ovvie mi sembrano strane...:S
Sono tutto fuorché un esperto, riporto quindi una semplice definizione tratta da wiki, che mi sembra chiara ed esauriente:
In informatica e matematica, il termine algoritmo indica un procedimento che risolve un determinato problema attraverso un numero finito di passi
E qui un esempio grafico:
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So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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kORdA
Utente Attivo
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