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cicchi
Nuovo Arrivato
57 Messaggi |
 Inserito il - 10 ottobre 2012 : 16:52:32
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In un articolo (in inglese) che ho trovato per la mia tesi in una didasclia di immagine c'è scritto GC plot e GC skew, sapreste dirmi il tremine corrispondente in italiano (se c'è) e sapreste spiegarmi cosa sono?
Grazie infinite è abbastanza urgente!!
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 11 ottobre 2012 : 11:57:47
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Credo che significhino "GC plot e GC skew" 
Scusami, ma se non mi dai qualche riferimento, tipo il titolo e gli autori dell'articolo, non saprei veramente cosa suggerirti... |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 11 ottobre 2012 : 17:15:41
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| Concordo con kORdA, suona come qualcosa che ha a che fare con il DNA (%GC?) o forse con la gas-cromatografia o... ? |
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cicchi
Nuovo Arrivato
57 Messaggi |
Inserito il - 11 ottobre 2012 : 17:16:17
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questa è un'immagine presa da un articolo che parla del sequenziamento del batterio G. polyisoprenivorans ceppo VH2. Come vedi la didascalia parla di GC plot (sarebbe un "tracciato" delle basi GC all'interno del genoma batterico???) e di GC skew (che non ho la minima idea di cosa significhi).
mi puoi aiutare?
Immagine:
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Selenocisteina
Nuovo Arrivato
64 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2012 : 14:23:19
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Lo skew è un parametro che serve per valutare l'asimmetria composizionale tra i due filamenti di una doppia elica, che indica se si ha una quantità asimmetrica di una certa base rispetto alla sua complementare su uno dei due filamenti. In questo caso, trattandosi di GC skew, si calcola l'asimmetria tra G e C: se è positivo, l'elica ha più G che C (ovviamente l'elica opposta avrà più C che G, quindi GC skew negativo), viceversa sarà negativo.
La formula per calcolare il GC skew è:
skew = (G - C) / (G + C)
Laddove G e C stanno per numero totale di G e C in quel filamento.
Il calcolo di questo parametro serve per poter ipotizzare che ci siano stati dei meccanismi che hanno portato ad avere la prevalenza un certo tipo di basi rispetto a un altro su un filamento. Infatti, se la composizione in basi di un filamento fosse casuale e non influenzata da particolari meccanismi, il GC skew dovrebbe essere uguale a 0 (perché G = C). Mi pare che di solito si calcoli sulla terza posizione dei codoni, perché sono quelle che subiscono meno la pressione selettiva di conservazione della funzionalità, che ovviamente andrebbe a "rimediare" a eventuali meccanismi che spingono per un certo tipo di basi piuttosto che un altro.
Googlando così a random GC skew ho trovato questo articolo: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2684130/
da cui:
Replication [...] exerts genome-wide mutational and selection pressure, shaping genomic polarity with asymmetrically biased nucleotide composition in leading and lagging strands
This compositional skew can be easily observed by plotting the normalized excess of guanine (G) over cytosine (C) content in a subgenomic region with sliding windows along the complete genome sequence.
GC plot così a caso penso che indichi le posizioni del genoma dove si trova una coppia GC, ma penso che anche qui basti googlare.
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GC plot - GC skew
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