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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
 Inserito il - 25 gennaio 2007 : 18:21:08
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Ciao!!!
sapete se analogamente ai programmi per disegnare primers per PCR esiste qualche programma on-line per disegnare sonde per in situ? 
Inoltre so che esiste un sito (di cui non trovo ovviamente più il link!!! ) in cui vengono raccolti primers e sonde per real-time utilizzati in letteratura, che voi sappiate c'è anche per le sonde in situ???
Grazie
Silvia
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 25 gennaio 2007 : 20:33:32
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Io le costruisco con primer3 solitamente. E' molto importante farle exon-spanning ovviamente per evitare di visualizzare il DNA...
PS: nella sezione protocolli c'è il protocollo x l'in-situ che uso io
ciao! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 26 gennaio 2007 : 19:50:48
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Grazie Chick!
In realtà devo solo controllare (o eventualmente ridisegnare!) delle sonde che non ho fatto io, per un esperimento di in situ che non farò io!
Beh comunque non mi lamento, è molto che non faccio l'in situ e a quanto mi ricordo non è poi tanto divertente... soprattutto quando quelle "maledette" fettine si staccano dai vetrini!
Ho dato comunque un occhio al tuo protocollo e ho visto che è radioattivo, nel nostro labo non possiamo utilizzare radioattivo, magari recupero il nostro protocollo non radiattivo e lo inserisco!
Per quanto riguarda l'analisi delle sonde ho utilizzato il mio programma di disegno di primers per PCR che purtroppo non va bene per le sonde, ma comunque mi analizza se ci sono strutture secondarie, e ci sono un paio di hairpin che non mi piacciono molto!
Forse dovrò ridisegnarle, ma cercado la sequenza ho scoperto che ci sono ben 7 varianti di splicing!!!
Comunque ho trovato queste linee guida per disegnare le sonde che mi sembrano molto chiare:
http://www.anst.uu.se/vigie517/ishprobe.htm
che ne pensi?
Volevo inserirle nei protocolli... ma non essendo mie non so se sia corretto!
Grazie
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 27 gennaio 2007 : 03:54:48
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Se vuoi puoi tradurle e scrivere "tradotto da ....." :)
In effetti il mio protocollo è per l'in-situ radioattiva che è ancora più noiosa perchè devi anche fare il tutto con dieci volte più precauzioni, senza parlare delle 4-6 settimane di esposizione prima di vedere i risultati, non proprio divertenti :D |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 29 gennaio 2007 : 19:09:23
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Ok! Protocollo inserito!!!
Se hai (tu o anche qualcun altro) qualche altro suggerimento sei il benvenuto ad aggiungerlo! 
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sonde per in situ
Didattica e Relazioni
