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stefanken
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39 Messaggi |
 Inserito il - 26 novembre 2012 : 14:07:24
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Cari tutti,
come state? Spero bene.
Sto usando AgiMicroRna di Bioconductor per analizzare degli array di microRNA Agilent.
Il design è molto semplice, ho una quarantina di campioni e due trattamenti per ognuno (un setting appaiato).
Ebbene, seguendo quanto riportato nel semplicissimo tutorial che accompagna il pacchetto mi imbatto nella definizione dellla contrast matrix. Nel tutorial ho 3 condizioni e 2 campioni e la CM è definita così:
CM=cbind(MSC_AvsMSC_B=c(1,-1,0,0),
+ MSC_AvsMSC_C=c(1,0,-1,0))
come dovrei definirla nel mio caso?
Mi scuso se la domanda è banale, ma al momento il significato della cosa mi sfugge.
Grazie mille a presto!
Stefano
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AgiMicroRNA e Contrast matrix
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