# Lista degli aminoacidi proteogenici
aminoacids <- list(
            # Nome a una lettera
            name = c("A", "C", "D", "E", "F", 
                     "G", "H", "I", "K", "L", 
                     "M", "N", "P", "Q", "R", 
                     "S", "T", "V", "W", "Y"),
            # Nome a tre lettere (giusto per referenza!)
            name.3 = c("Ala", "Cys", "Asp", "Glu", "Phe", 
                       "Gly", "His", "Ile", "Lys", "Leu", 
                       "Met", "Asn", "Pro", "Gln", "Arg",
                       "Ser", "Thr", "Val", "Trp", "Tyr"),
            # peso molecolare
            weight = c(89.09404, 121.15404, 133.10384, 
                       147.13074, 165.19184, 75.06714, 
                       155.15634, 131.17464, 146.18934, 
                       131.17464, 149.20784, 132.11904, 
                       115.13194, 146.14594, 174.20274, 
                       105.09344, 119.12034, 117.14784, 
                       204.22844, 181.19124)
            )

# Funzione che restituisce una sequenza peptidica random
# Parametri
# len: la lunghezza della sequenza
getPeptide <- function(len)
  {
  if (len < 1)
    stop("La lunghezza del peptide deve essere > 0")
    
  # Scegliamo len aminoacidi a caso
  peptide <- sample(aminoacids$name, len, replace=TRUE)
  
  # Restituiamo la sequenza
  return(peptide)
  }

# Funzione che calcola il peso di un peptide
getWeight <- function(peptide)
  {
  # Troviamo a che aminoacido corrisponde ciascun elemento
  # del peptide
  tmp <- sapply(peptide, function(x){which(aminoacids$name == x)})
  # Sommiamo i pesi
  weight <- sum(aminoacids$weight[as.integer(tmp)])
  # Eliminiamo il peso di una molecola di H2O per
  # ogni legame peptidico
  weight <- weight - 18 * (length(peptide)-1)
  return(weight)
  }

p <- getPeptide(20)
w <- getWeight(p)

# Scriviamo l'output
# Usiamo paste solo per estetica: ci restituisce una stringa
# unica piuttosto che un vettore
print(paste(p, collapse=""))
[1] "DRMLSTELGHLVFEPNQVFK"

print(w)

[1] 2361.003