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STEFANIApcr
Nuovo Arrivato
Prov.: Brescia
Città: Brescia
26 Messaggi |
 Inserito il - 09 gennaio 2013 : 19:39:59
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Ciao a tutti! avrei da chiedervi un dubbio riguardante l'uso di BLAST. dopo aver fatto tutti i passaggi iniziali (copiato la sequenza in formato FASTA nella mascherina opportuna,lasciato come banca dati quella "nr"ecc..),mi sono bloccata al momento della modifica dei parametri dell'algoritmo. quello che ho capito dalla spiegazione in aula è che il "max targhet sequences" indica il numero di sequenze che verranno mostrate in output (che Blast lascia in default ad un limite di 100)e "expect threshold" indica il numero di sequenze attese entro una certa soglia. IL PUNTO é: QUAL'é IL CRITERIO CON CUI DEVO MODIFICARE QUESTI PARAMETRI DIVERSAMENTE DA QUELLI IMPOSTATI COME STANDARD (default) IN BLAST? SAREI IMMENSAMENTE GRATA A CHI MI CHIARISSE QUESTO DUBBIO!! NELL'ATTESA RINGRAZIO ANTICIPATAMENTE PER LA PAZIENZA!!!
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 10 gennaio 2013 : 08:58:58
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La domanda corretta sarebbe: perchè devo modificare i parametri da quelli impostati di default?
Intendo dire, cosa hai bisogno di modificare? La finestra di input di NCBI BLAST offre numerose opzioni e c'è un help che le spiega. Se vuoi una mano qui dovresti chiedere come effettivamente vorresti filtrare i risultati del tuo allineamento. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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STEFANIApcr
Nuovo Arrivato
Prov.: Brescia
Città: Brescia
26 Messaggi |
Inserito il - 10 gennaio 2013 : 09:42:08
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| Quello che ho capito è che, devo modificare questi parametri, certamente, a seconda della ricerca che voglio effettuare. Supponendo, ad esempio di avere, in una prima ricerca, l'ultima sequenza della lista in output con un valore di E (E-value) ancora molto significativo (quindi molto molto piccolo). In questo caso posso modificare il limite da 100 (default) a 1000, in modo tale da includere nella lista ancora molte sequenze potenzialmente omologhe alla quesry (quindi diminuisco il numero di falsi negativi). Mentre modifico il parametro di Expect, quando voglio aumentare la selettività, ovvero escludere il più possibile falsi positivi, cioè sequenze che somigliano alla quesry molto probabilmente per puro caso. Ti chiedo ancora un briciolino di pazienza per sapere se il ragionamento fatto può andare... ti ringrazio moltissimo per l'aiuto!!! |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 10 gennaio 2013 : 10:26:18
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Prima di tutto che cosa vuoi allineare? Assumiamo tu voglia allineare sequenze amminoacidiche, quindi usiamo BLASTp...
I parametri di default sono tarati apposta, stai pur tranquilla che nella stragrande maggioranza dei casi 100 sequenze sono anche troppe per cercare omologhi.
Comunque il concetto di falso positivo o falso negativi a me non sembra corretto applicarlo alla ricerca per omologia di sequenza. Nel caso più semplicistico (consideriamo solo la sequenza) due proteine potranno essere definite omologhe se presenteranno una percentuale sufficientemente alta di identità e/o similarità, il tutto corroborato da un E-value sufficientemente basso.
Non sono troppo sicuro a toccare il parametro "Expect Threshold", io personalmente lo lascerei cosi com'è e filtrerei i risultati in base all'E-value che presentano i risultati. Se dovessi proprio toccare qualcosa proverei a cambiare le matrici di sostituzione, se ne sono aperti diversi thread sull'argomento, guarda qui http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=26612
Ricorda che comunque stai solo facendo un allineamento. Se dovessi fare una ricerca per omologia più fine dovresti ricorrere ad algoritmi come PSI-BLAST. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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