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Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
 Inserito il - 09 febbraio 2007 : 00:45:40
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Sto cercando informazioni sul funzionamento del SELDI, non l'ho capita molto bene!
Dovrebbe essere un'evoluzione del MALDI, ma da quel che ho capito, è presente una superficie modificata chimicamente o biochimicamente per permettere di intrappolare un certo campione proteico (siamo sempre nel campo degli array proteici).
Ma una volta intrappolata la proteina, la ionizzazione avviene come nel MALDI? Ma senza una matrice non si rischia di distruggere il campione?
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La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine è vivere, sfogliarli a caso è sognare. (Arthur Schopenhauer)& |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
 Inserito il - 09 febbraio 2007 : 02:12:08
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La SELDI (surface enhanced laser desorption ionization) usa un chip funzionalilzzato in modo da legare una certa proteina o un certo tipo di proteine. Es. lo puoi funzionalizzare con anticorpi, recettori (alta specificità) o semplicemente con gruppi idrofobici o idrofilici (ampio spettro di legame).
Dopo aver messo il campione e lavato x eliminare il binding aspecifico, viene usata una laser-desorption per ionizzare la molecola come nella MALDI.
Nota che le proteine non vengono incluse nella matrice ma solo adsorbite. |
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cuccurullom
Nuovo Arrivato
Città: napoli
14 Messaggi |
Inserito il - 09 febbraio 2007 : 10:31:04
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Il SELDI è una technologia sviluppata dalla Ciphergen: al posto della piastrina quadrata del MALDI, hai una piastrina rettangolare (mezzo centimentro per 6-7) su cui c'è una sola fila di pozzetti (8).
La ditta vende chip per ogni esigenza. Io, per esempio, uso quelli in cui sul pozzetto c'è una fase inversa o normale. Carico 1ul di campione, lascio che asciughi, lavo in modo da allontanare ciò che non si è legato specificamente e poi aggiungo la matrice, che è il normale alpha ciano. Ovviamente, come diceva chick, puoi acquistare chip derivatizzati deversamente, a seconda di quello che devi fare.
In sostanza, puoi fare una cromatografia in situ...
Spero di esserti stata utile..... |
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Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
Inserito il - 11 febbraio 2007 : 23:56:48
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Grazie ad entrambi!
Parlando di array proteici, ho studiato che posso usare per la rivelazione tra varie tecniche, sia il MALDI che il SELDI.
Ma esattamente, parlando appunto specificatamente di array proteici, quali sono le differenze tra le due tecniche?
Mi spiego meglio: in un array, ho un agente di cattura (ad es. proteico) che mi permette l'interazione con una proteina contenuta in un campione complesso.
Dopo l'interazione, posso procedere con la rivelazione, ma se ho già il campione immobilizzato in seguito all'interazione, come posso applicare un MALDI (mi mancherebbe la matrice) o un SELDI (l'interazione è già avvenuta con la proteina)?
E poi, altra curiosità, non utilizzando una matrice per il SELDI, come posso evitare la distruzione del campione colpito direttamente dal laser? |
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cuccurullom
Nuovo Arrivato
Città: napoli
14 Messaggi |
Inserito il - 12 febbraio 2007 : 09:24:18
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io purtroppo mi occupo di spettrometria di massa e di array so veramente poco. Ti posso però dire che con il SELDI viene utilizzata la matrice perchè il principio di ionizzazione è quello del MALDI. Purtroppo però è una tecnica distruttiva, nel senso che il campione viene perso dopo l'analisi...in realtà hai solo 30-40 secondi per ottenere il tuo spettro...
Di contro, il SELDI è anche una tecnica molto sensibile per cui ti bastano poche femtomoli di campione.
ciao! |
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Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
Inserito il - 14 febbraio 2007 : 14:02:01
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Capito, quindi diciamo che non si lega un solo tipo di proteina, ma più proteine che condividono la specificità con la superficie.
Credo alla fine ti occupi di array, anche se forse li intendiamo diversamente! |
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biotecman
Nuovo Arrivato
40 Messaggi |
Inserito il - 31 gennaio 2009 : 09:11:44
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Luis volevo risponderti per quanto riguarda la tua domanda "poi, altra curiosità, non utilizzando una matrice per il SELDI, come posso evitare la distruzione del campione colpito direttamente dal laser?"
Premettendo che sono ancora uno studente della magistrale (e che quindi non ho avuto esperienze dirette in laboratorio) ti dico quello che ho studiato: dopo che il campione è stato adsorbito dalla superficie e si sono effettuati i vari lavaggi si aggiunge la matrice! Quindi gli steps successivi sono gli stessi della maldi. Se leggi attentamente anche l'utente "cuccurullom" ti ha detto che si fa cristallizare una matrice sopra alle tue proteine adsorbite dalla superficie, in questo modo, così, come nella maldi, si evita la frammentazione del campione che avverrebbe nel caso questo fosse direttamente colpito dal raggio laser.
http://en.wikipedia.org/wiki/Surface-enhanced_laser_desorption/ionization |
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