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coil93
Nuovo Arrivato
Prov.: Latina
Cittā: Latina
2 Messaggi |
 Inserito il - 09 febbraio 2007 : 08:31:17
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Salve a tutti,
premetto che sono un novellino sia di questo forum che di bioinformatica.
Arrivo al punto: mi hanno consigliato di passare ad un sistema Unix-Linux ed in particolare di utilizzare il software Phred-Phrap.
Qualcuno ha esperienza in merito? sapete se č difficile istallarlo, farlo girare e gestirlo? Mi č stato detto che cč tutta una
fase di preprogrammazione piuttosto complicata.
Tra le varie cose, a me serve un software che allini mooooolte sequenze di uno shotgun, e che mi permetta di risolvere tutti i problemi legati a questa metodica, possibilmente in maniera snella (editing, trimmin del vettore, gap ecc ecc)
Al momento io uso VectorNTI.
Grazie
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 09 febbraio 2007 : 19:53:31
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hola,
phred e phrap servono per lavorare con i risultati grezzi di un sequenziamento.. credo siano i programmi che sono stati scritti per il progetto di sequenziamento della Celera Genomics.
E' difficile da usare a meno che tu non sia un informatico o abbia una buona esperienza con i computer ;)
Ti posso dire che nei repo di Debian non c'č, ma puoi installarlo compilandolo oppure tramite rpm/alien: http://serine.umdnj.edu/~golharam/biorpms/downloads.php
Inoltre sui sistemi Gnu/Linux ci sono molti comandi utili per lavorare con sequenze, come grep, gawk, e tutti gli altri di bash.
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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