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Bimbagioia
Nuovo Arrivato

Città: Torino

70 Messaggi

Inserito il - 08 marzo 2013 : 17:02:26

Ciao a tutti,
qualcuno di voi saprebbe spiegarmi come faccio a determinare i costi nell'allineamento di sequenze, per avere il percorso a minor/maggior costo?
il match=0; mismatch=20; ins/del= 25,ora in una ipotetica seq ATG e GGAATGG, come determino il costo? Nelle caselline con che criterio inserisco i costi?
Mi sono spiegata malissimo ma non ho la minima idea di come funziona l'argomento, quindi scusate l'ignoranza anche nell'italiano
Grazie a tutti, se c'è qualcuno che sa chiarirmi lo ringrazio molto

daleth
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 30 marzo 2013 : 20:00:48

Programmazione dinamica? Visto che è passato del tempo ti chiedo prima se sei ancora interessata ad una spiegazione.

Bimbagioia
Nuovo Arrivato

Città: Torino

70 Messaggi

Inserito il - 31 marzo 2013 : 17:05:52

ciao! si grazie,sarei ancora interessata!

daleth
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 01 aprile 2013 : 17:27:37

Qui ho trovato una buona spiegazione, se non ti torna qualcosa chiedi pure.

http://www.avatar.se/molbioinfo2001/dynprog/dynamic.html

Comunque, in estrema sintesi, per ogni casella devi scegliere tra le tre possibili soluzioni (ovvero, allineare le due basi, inserire un gap nella prima sequenza o inserire un gap nella seconda sequenza) quella che ti fa ottenere il miglior punteggio.

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Città: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 02 aprile 2013 : 09:03:17

Ah, la programmazione dinamica! A parte gli algoritmi di allineamento, di ottimizzare il resto in moneta e di calcolo del fattoriale per me è sempre stato arduo formalizzare i problemi in termini di programmazione dinamica :-D Se qualcuno ha degli appunti di "strategie" e algoritmi per programmare in modo dinamico gliene sarei grato

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada