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283
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115 Messaggi

Inserito il - 26 marzo 2013 : 16:27:20

salve a tutti..vorrei chiedere un vostro parere e spero tanto che qualcuno abbia voglia di rispondere.
sto eseguendo real time per gene expression su rna estratto da midollo osseo flushato di topo. il mio materiale dunque � rappresentato da una popolazione eterogenea di cellule. ho cercato un housekeeping tra molti (ACTB, HPRT, 18R, gadph,RPLP0, UbC). alla fine ho scelto usando genorm UbC che � quello che si mantiene costante come ciclo soglia in tutti i campioni nelle varie condizioni. secondo voi � in realt� un artefatto? nel senso che i lfatto che sia costante tra i campioni nn � cos� obbligatorio avendo una popolazione mista di cellule?

vi ringrazio tanto per qualunque risposta

angemore
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82 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2013 : 08:04:45

In che senso dici che i valori che ottieni sono costanti? Sono proprio uguali o si discostano di poco? Devi tenere in considerazione che nella real-time un ciclo di differenza gi� vuol dire che in un campione hai il doppio del materiale rispetto all'altro. Inoltre, se tu hai retro trascritto la stessa quantit� di RNA (ad esempio un microgrammo) in cDNA e se poi carichi gli stessi microlitri di cDNA nella piastra per tutti i campioni, mi aspetto proprio che un buon housekeeping abbia pi� o meno gli stessi valori e che si discostino al massimo di 1 o 2 cicli.
Ciao, a presto

283
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115 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2013 : 08:23:14

Citazione:
Messaggio inserito da angemore

In che senso dici che i valori che ottieni sono costanti? Sono proprio uguali o si discostano di poco?
Ciao, a presto

grazie mille per aver risposto.i valori sono proprio uguali al massimo si discostano di mezzo ciclo ma non di pi�. ma la mia domanda era: se il materiale da cui estraggo RNA ha una composizione variabile ed eterogenea dovrei aspettarmi differenze nel ciclo soglia di uscita dell'housekeeping?