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rebeccac
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
 Inserito il - 12 aprile 2013 : 08:08:37
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ciao a tutti, ho dei dubbi riguardo il sequenziamento del DNA, spero qualcuno di voi possa aiutarmi!
Allora il metodo del sequenziamento, prevede di andare a "sequenziare" frammenti di DNA, per arrivare a comprendere se a tal livello ci sono mutazioni o problematiche varie.
Inizialmente veniva utilizzato il metodo chimico, poi ci si è resi conto che era dannoso e si è passati al metodo sanger ovvero enzimatico.
ora il mio problema è la metodica shotgun, cioè non ho capito se è basata sulla tecnica sanger o se è un altro tipo di metodica...potreste spiegarmi la differenza o l'affinità di queste tecniche? inoltre il clone by clone è ancora un'altra metodica? ho una gran confusione! Grazie a chi risponderà
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macgenome
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 26 aprile 2013 : 11:27:04
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Allora, un pò di parole chiave:
Il sequenziamento del DNA è la determinazione dell'ordine dei nucleotidi di un frammento di gene, geni interi, porzioni genomiche, interi genomi etc.
Per sequenziare un genoma intero (mi sembra di capire tu ti riferisca a questo) devi fare diversi passaggi, tra cui creare una libreria genomica, ovvero una collezione di batteri (BAC) o cromosomi artificiali di lievito (YAC) che contengono frammenti di genoma ceh vuoi studiare. A questo punto hai bisogno di una mappa fisica: ovvero capire ciascun clone della libreria a che porzione di genoma corrisponda.
Per sequenziare i cloni con strategia shot-gun significa che devi sequenziare porzioni interne inserto clonato in BAC per poi assemblare le diverse porzioni e ricomporre (dedurre) la composizione nucleotidica. Questo è necessario in quanto le attuali tecnologie non permettono di sequenziare più di migliaia di basi per volta. CLone by clone vuol dire che sequenzi un clone BAC o YAC che hai ottenuto per volta. |
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Geeko
Utente
Città: Milano
1043 Messaggi |
Inserito il - 26 aprile 2013 : 12:14:31
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Ci sono state molte discussioni nel forum riguardo a questo argomento!
In ogni caso la tecnologia usata nel sequenziamento di un intero genoma è cosa distinta dalla strategia generale utilizzata; ecco il sequenziamento Whole-Genome Shotgun e il Clone-by-clone sono due diverse strategie, non delle tecniche. |
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