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mjtwin
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 Inserito il - 06 maggio 2013 : 18:24:38
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Ciao a tutti,
sto cercando, senza successo, i nomi degli elementi di struttura secondaria della GRK1 !! (i nomi delle varie alfa-eliche e beta-sheet per intenderci)
Qualcuno sa dove trovarli?
Thx
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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mjtwin
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 07 maggio 2013 : 12:16:12
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Ciao kORdA,
forse non sono in grado di usare il PDB ma nella pagina da te
linkata, che avevo già visitato, sono indicati gli estremi
degli elementi di struttura secondaria, ma non i loro nomi.
Quello che mi serve sapere è il nome che è stato assegnato ad
ognuna di quelle eliche e b-strand.
Quelli riportati nella pagina sono invece nomi ed estremi
dei motivi e dei domini strutturali.
Se in quella pagina c'è un modo per ottenere l'info che cerco
ti prego di spiegarmi come.
Grazie comunque della risposta.
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kORdA
Utente Attivo
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mjtwin
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 07 maggio 2013 : 13:49:47
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Ciao kORdA,
grazie ancora per il tuo interessamento.
Ho gia' fatto riferimento a siti come SCOP,
SMART, InterPro e, purtroppo, non ho trovato
quello che cerco.
Non credo nemmeno io che esista una nomenclatura
pre-stabilita per gli elementi di struttura
secondaria (a questo punto mi vien da dire
magari!!) da quel che so varia di caso in caso.
Ho provato a ricostruire a mano range e nomi sulla
base delle figure presenti in diversi paper ma
ho molti buchi e c'e' comunque il rischio di errore.
Ho quindi deciso di scrivere ad un paio di autori
nella speranza che un buon cuore si prenda la briga
di rispondere.
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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1303 Messaggi |
Inserito il - 07 maggio 2013 : 14:16:59
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| In bocca al lupo, se mi avessi parlato di domini immunoglobulinici lì si che c'è una nomenclatura precisa. A linee generali si parte dall'N-term e le eliche si indicano con un numero progressivo, mentre gli strand con una lettera. Spesso, nel caso degli strand, si usano anche apici (es. C, C', C'') per indicare quegli strand che non sono molto conservati o per distinguere due strand contigui sulla struttura primaria ma che fanno parte di foglietti diversi (come, ad es., nei motivi b-sandwich) |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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GRK1 nomi elementi struttura secondaria
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vediamo se riesco a darti la risposta che cerchi...
