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PleckstrinHomologyDomain
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7 Messaggi |
 Inserito il - 22 giugno 2013 : 12:14:55
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Considerando aminoacidi (S) secondo le CIP's rule(xk in realtà non tutti sono levogiro come invece molti pensano..) sappiamo che nel ramachandran plot le coppie di angoli che si osservano per strutture secondarie ad alfa elica DESTROGIRE stanno nella loro area in basso a sinistra (Phi e Psi entrambi negativi). Esiste però anche un area in alto a destra con valori di Phi e Psi (sebbene in un area + restrittiva vabbeh) + o - identici ma entrambi positivi. Queste sono le alfa eliche LEVOGIRE fatte sempre da aminoacidi (S)..
e qui viene la mia domanda..
Questo discorso però non si può fare con i beta foglietti..
PERCHè?? cioè perchè esistono solo i beta foglietti con combinazione Phi(negativo) e Psi(positivo) e non viceversa? anche considerando il fatto che le eliche sono strutture secondarie + compatte (e quindi a logica avrebbe anche più problemi sterici) e i beta sono + "liberi"..
Con aminoacidi (R) invece avremo un ramachandran plot che sarà il simmetrico rispetto all'origine degli assi.. e anche qui quindi mancherà per i beta strand l'area in alto a sinistra qst volta!
Perchè? O_O
Ringrazio in anticipo
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PleckstrinHomologyDomain
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Inserito il - 23 giugno 2013 : 20:49:24
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| help..:( |
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Grön
Utente Junior
220 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2013 : 15:11:47
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Ciao,
purtroppo non so rispondere al tuo quesito :\ che tra l'altro, almeno sui testi di base della biochimica non è analizzato sino a questo punto.
Ti metto una risposta per portarlo in evidenza. :)
Solo, pensavo, sulla base di cosa dici che il foglietto beta sia meno ingombrato? A me sembrava di ricordare che il grafico tenesse conto di conformazioni a foglietti paralleli ed antiparalleli, come puoi vedere qui:
http://www.cs.ubc.ca/labs/beta/Courses/CPSC536A-01/Class14/image8.jpg
..e i foglietti si mettono "di pancia" uno rispetto all'altro, quindi l'ingombro sterico che deriverebbe da angoli diedri differenti sarebbe (forse) ancora più antipatico di quello derivante dalla giustapposizione di alfa-eliche.
Vedi se ti risponde qualcuno, anche se mi sembra un quesito molto tecnico! |
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PleckstrinHomologyDomain
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7 Messaggi |
Inserito il - 01 luglio 2013 : 10:06:11
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L'esame l'ho fatto ed è andato + che bene.. per fortuna non mi ha chiesto questa cosa perchè non avrei saputo rispondere.. comunque i beta foglietti paralleli o antiparalleli che siano sono comunque più rilassati delle afa eliche e la loro area di ramachandran infatti è maggiore delle eliche. (Guarda sul libro "voet" ci dovrebbe essere scritto, e poi questa cosa ce l'ha detta il professore stesso. La risposta alla domanda però non ce l'ha detta...-.-)
In quell'area delle eliche poi ci ricadono pure le 4.4-16, le 3-10... quindi l'area delle alfa (3.6-13)è ancor + restrittiva!
Boooooh... :O |
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n/a
deleted
41 Messaggi |
Inserito il - 05 luglio 2013 : 16:41:54
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Non so rispondere nello specifico alla domanda, ma mi permetto di intervenire su questo
Citazione:
PERCHè?? cioè perchè esistono solo i beta foglietti con combinazione Phi(negativo) e Psi(positivo) e non viceversa? anche considerando il fatto che le eliche sono strutture secondarie + compatte (e quindi a logica avrebbe anche più problemi sterici) e i beta sono + "liberi"..
Ne hai la certezza? L'#945;-elica è stabilizzata dai legami H che si instaurano all'interno dell'elica stessa (3 o 4). Credo che abbia un'importanza non indifferente, nonostante il discorso sull'ingombro sterico. |
Abbiate pietà di me, sono un novellino :D
Studio "Biologia molecolare" a Padova! |
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Beta foglietti e Ramachandran
Didattica
