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Universitaria
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 23 giugno 2013 : 08:47:43

Avrei dei dubbi riguardo a due esercizi. Chiss�, magari qualcno mi pu� dare una mano.

1- Date le seguenti letture di sequenza da un clone del genoma umano:
ATGCGATCTGTGAGCCGAGTCTTTA
AACAAAAATGTTGTTATTTTTATTTCAGATG
TTCAGATGCGATCTGTGAGCCGAG
TGTCTGCCATTCTTAAAAACAAAAATGT
TGTTATTTTTATTTCAGATGCGA
AACAAAAATGTTGTTATT

Usate queste sei letture di sequenza per creare una sequenza di contig di questa parte del genoma umano.

2- Dal sequenziamento di un genoma di 1000000 bp avete ottenuto 25000 coni usando vettori BAC. Qual � la ridondanza della libreria?

Grazie!

Universitaria
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2013 : 09:41:35

Sono riuscita a risolvere il secondo esercizio, o cos� credo. In pratica il n� cloni = dim. genoma / dim. inserto e in questo caso trattandosi di vettori BAC(100kb a 300 kb)avremo:

n� cloni = 1000000 pb/ 100 kb = 10000 ( one-fold)

Dato che la libreria contiene 25000 cloni, allora:

ridondanza = 25000 cloni / 10000 cloni = 2,5

Quindi � una libreria 2,5 - fold library.

Possibile questo ragionamento?
Mentre per il primo esercizio vuoto totale.

Geeko
Utente

Citt�: Milano

1043 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2013 : 11:24:47

Nel primo devi semplicemente riordinare le poche reads dell'esercizio usando il metodo dei contig (quindi riordinarle in base alla lor parziale sovrapposizione alle estremit�).
Ti lancio un punto da cui partire: ad esempio la seconda read e la penultima condividono un buon tratto d'identit�, infatti escluse le ultime tre posizioni della penultima read (CGA) il resto � tutto compreso anche nella seconda read:


2� AACAAAAATGTTGTTATTTTTATTTCAGATG
5�            TGTTATTTTTATTTCAGATGCGA

Universitaria
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2013 : 12:17:41

Ok. Quindi per esempio la seconda ha una buona identit� con la sesta perch�

2� AACAAAAATGTTGTTATTTTTATTTCAGATG
6� AACAAAAATGTTGTATT

Tranne che per ATT finale.
Come anche la terza con la quinta, infatti:


              TTCAGATGCGATCTGTGAGCCGAG
        ------TTCAGATGCGA

E poi?
Grazie comunque per la risposta e l'aiuto!

Geeko
Utente

Citt�: Milano

1043 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2013 : 16:56:02

Hai sbagliato a scrivere la sequenza della 6. Ti manca una T alla fine!!! E' "GTTATT" non "GTATT" Le due si sovrappongono. Continua su questa linea e ricorda che man mano che vai avanti le sequenze possono essere completamente sovrapposte alla parte che hai gi� svolto

Universitaria
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2013 : 18:46:23

Ci sono riuscita!

Grazie mille, i tuoi suggerimenti mi sono stata molti utili. Alla fine non era complesso, sono io che mi perdo in un bicchiere d'acqua! :-)

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