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ellepė
Nuovo Arrivato


Prov.: Matera
Cittā: Pomarico


57 Messaggi

Inserito il - 20 maggio 2014 : 16:56:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ellepė Invia a ellepė un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao ragazzi, io ho un file SAM e da esso ne devo ricavare il numero di allineamenti totali, il numero di cromosomi del reference genome, il numero di allineamenti per cromosoma, il numero di allineamenti per cromosoma diviso la lunghezza del cromosoma. Come dinguaggio di programmazione uso Perl, e come sistema operativo ho windows 8. Esiste un qualche manuale che spieghi come eseguire queste azioni e ottenere un output attendibile? Ho cercato in lungo ed in largo sul web ma non sono riuscita a trovRe nulla!!!!
Grazie mille...

chick80
Moderatore

DNA

Cittā: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 20 maggio 2014 : 17:36:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Le specifiche dei file SAM sembrano abbastanza dettagliate:

http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf

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