Beh, semplicemente chiami il campione che hai in entrambi i gel 100% e calcoli le intensità delle altre bande rispetto a quella.
Ad es.
GEL1
Campione | Intensità | Int./Int campione 1
----------+------------+--------------------
1 | 10 | 100%
2 | 15 | 150%
3 | 20 | 200%
GEL2
Campione | Intensità | Int./Int campione 1
----------+------------+--------------------
1 | 12 | 100%
4 | 18 | 150%
5 | 5 | 25%
(nota che avrai già rapportato l'intensità al tuo standard interno, es. tubulina)