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alfredopacino
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2 Messaggi |
 Inserito il - 15 settembre 2016 : 12:43:17
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Salve, per motivi accademici abbiamo ho realizzato un algoritmo per la conta delle occorrenze di k-mer https://en.wikipedia.org/wiki/K-mer.
Non avendo però basi di biologia sto avendo qualche difficoltà nello scrivere un'introduzione alla tesina di fine progetto (come spesso fanno gli informatici, una volta ridotto il problema ad un problema informatico ci si dimentica quasi del contesto :) ). Sono qui quindi a chiedere, possibilmente, dei riferimenti bibliografici digeribili da un informatico per documentarmi un po'.
- A cosa serve in biologia/bioinformatica la conta dei k-meri? È un'attività diffusa in bioinformatica? Quali tool usate o quali sono i più famosi?
- Fa parte del processo di sequenziamento del DNA? info in merito?
- oltre all'utilizzo diretto della conta dei k-meri, vorrei sapere qual è lo scopo ultimo di quest'attività: c'è per caso relazione tra le frequenza di k-mer e, ad esempio, i marcatori genetici per analisi su predisposizioni a determinate patologie?
- cos'è in pratica il next-generation sequencing?
- qualunque altra info in merito è ben gradita :)
grazie
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kmer counts
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