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AnRiLi
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2017 : 02:14:53

Ciao a tutti. Ho letto precedenti discussioni in merito all'analisi dei dati riguardo la real time Pcr ma non ho trovato ci� che cercavo.
In pratica ho effettuato esperimenti di gene silencing in colture cellulari avendo oltre ai campioni trattati, i campioni non trattati e i campioni trattati come controllo negativo. Con la real time ho valutato le variazioni dei livelli di espressione genica tra le tre tipologie di campioni. In particolare ho calcolato la percentuale di espressione del gene che ho silenziato rispetto a quella del controllo negativo che impostavo al 100%(oppure variazione della % di espressione del mio gene nei trattati e nei controlli neg vs i non trattati, sempre impostati al 100%). Dopo aver calcolato le medie tra dct e ddct con relativi dev standard e standard error come devo procedere per calcolare il valore p? applico il test t? su quali valori? ho una decina di esperimenti. Grazie!

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2017 : 21:27:59

Usi il test t comparando:
controllo negativo vs il tuo campione silenziato

https://www.graphpad.com/quickcalcs/ttest1.cfm?Format=SD

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

AnRiLi
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 01 novembre 2017 : 19:03:43

grazie!:) Ma devo comparare il dCt medio dei campioni silenziati e dei controlli negativi? e ha senso confrontare anche i trattati e i controlli negativi con i non trattati? se si, in questo caso devo usare il test ANOVA?

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 01 novembre 2017 : 21:03:21

Citazione:
Ma devo comparare il dCt medio dei campioni silenziati e dei controlli negativi?

Da ogni esperimento dovresti avere un numero di fold induction (che e' la media dei 2^-DdCt dei replicati tecnici dell'esperimento).

Citazione:
e ha senso confrontare anche i trattati e i controlli negativi con i non trattati?

Ha senso confrontare i non trattati con i controlli negativi (non ci dovrebbe essere differenza, altrimenti significa che il tuo controllo negativo NON � un controllo negativo), non ha senso confrontare non trattati con trattati.

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

AnRiLi
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 05 novembre 2017 : 22:17:40

Scusami ma forse non mi � ancora chiaro.

Devo usare la media dei 2^-ddCt di tutti gli esperimenti?
E se � cosi come devo fare per un confronto con i controlli negativi se la media dei relativi 2^-ddCt pari a 0 (per esprimerli in percenutuale e settarli al 100%)?

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