Allora, le unità di desossiribosio hanno il fosfato legato all'idrossile in 5' e legano lo zucchero precedente con l'idrossile in 3' (che lega il fosfato dell'altro zucchero). In 1' lo zucchero lega la base azotata.
Ci sono poi i legami idrogeno fra le basi di ciascuna coppia, 2 per A e T e 3 per C e G. Ci sono interazioni idrofobiche tra gli orbitali pi greco di coppie di basi adiacenti Ci possono essere legami idrogeno fra basi adiacenti sulla stessa catena, dovute al fatto che la coppia di basi può ruotare attorno al suo asse per stabilizzare la doppia elica e quindi può interagire con la coppia successiva.
No movimento, le interazioni tra le basi aromatiche rappresentano la coniugazione degli orbitali delocalizzati (pi greco appunto) che sono parte, in ciascuna base, dei doppi legami covalenti responsabili dell'aromaticità: l'interazione coniugativa tra basi diverse non è però covalente, ma vede una sorta di 'impilamento' delle basi azotate come a formare una colonna, nella quale gli orbitali pi greco mischiano i loro elettroni. A rinforzarla c'è pure una certa repulsione idrofobica che mantiene l'elica chiusa, lasciando all'esterno i gruppi fosfato carichi e quindi idrofili.
Il mio professore di biochimica insisteva sul fatto che NON sono i ponti H a tenere chiusa l'elica (troppo deboli!) ma è questa sinergia tra forze idrofobiche e interazioni pi greco a fare della doppia elica una strutture compatta. I ponti H sono solo responsabili di una geometria spaziale particolarmente stabile, che viene deformata nel fenomeno del mismatch....
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà (F.W. Nietzsche)