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neyryssa
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 16 aprile 2007 : 18:17:22
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comincio con la prima domandina semplice semplice..poi ne aggiungerò altre man mano che ripasso
allora ci sono le ricerche testuali e quelle di similarità..io ho capito cosa sono ma nn ho esempi pratici a cui fare riferimento..
potreste darmene in modo da capire in maniera pratica la differenza tra le due? grazie a tutti
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neyryssa
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 16 aprile 2007 : 19:49:01
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altra domanda.. gli allineamenti, algoritmi e blast vari.. aiutoooo
chi me li sa spiegare senza uccidermi prima? |
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norty89
Nuovo Arrivato
Prov.: Reggio Calabria
Città: Reggio Calabria
25 Messaggi |
 Inserito il - 26 aprile 2007 : 21:44:16
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Citazione:
Messaggio inserito da neyryssa
altra domanda.. gli allineamenti, algoritmi e blast vari.. aiutoooo
chi me li sa spiegare senza uccidermi prima?
A questa ti rispondo subito e ne approfitto per presentarmi( mi sono iscritto poco fa ).  Mi chiamo Nino, mi sto avvicinando piano piano al mondo delle biotecnologie, anche se per ora non sono per me oggetto di studio. Complimenti per il sito, è fantastico!
Passiamo ora a blast!
A quanto ho capito ti servono informazioni sul logaritmo di cui si servono alcuni programmi per il confronto di sequenza.
DEFINIZIONE
L'algoritmo blast è un processo euristico che identifica sequenze simili tra loro molto velocemente, alle quali assegna un valore statistico.
Il valore di cui sopra, detto "expect value" o valore "E", corrisponde al numero di confronti tra due sequenze all'interno della banca dati con un punteggio di somiglianza uguale o superiore. Tanto più questo valore è piccolo, più la corrispondenza aumenta.
ESEMPIO
Abbiamo la sequenza amminoacidica di una proteina, possiamo cercare quali sequenze siano simili all'interno dei frammenti di nucleotidi delle EST, di cui può essere predetta automaticamente la sequenza codificante basandosi sul codice genetico.
Con questo sistema è possibile confrontare sequenze di DNA genomico con sequenze di RNA messaggero ( note o ricavabili dall'EST ), per una determinazione della struttura genomica dei geni.
EST
Sono banche dati di sequenze parziali derivate da mRNA ricavate dall'analisi automatizzata di cloni batterici ottenuti da genoteche.
Per ulteriori informazioni puoi visitare http://apollo11.isto.unibo.it/Flight_Manual/Bioinfo.htm ( da dove ho preso il materiale ), oppure chiedi a me, per quello che so o posso trovare rispondo.
P.S.= Siccome sono nuovo correggetemi se sbaglio! |
... e, mentre questo pianeta ha continuato a roteare seguendo le immutabili leggi di gravità, da un inizio così semplice infinite forme, sempre più belle e meravigliose, si sono evolute e tuttora si evolvono.
Charles Darwin |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 27 aprile 2007 : 00:09:31
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Benvenuto norty89!
La risposta che hai dato va bene, c'é solo da dire che le ESTs in generale sono sequenze di 40-60 nt che vengono sequenziate a partire dagli mRNA (sequenziare ogni singolo trascritto presente in una cellula sarebbe troppo costoso) per qualsiasi organismo, in generale. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Gst
Utente Junior
Prov.: Roma
Città: Ariccia
143 Messaggi |
Inserito il - 28 aprile 2007 : 13:52:18
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Scusate l'ignoranza...io nn sn una bioinformatica, ma un'aspirante biologa molecolare . In ogni caso nel lab in cui faccio tirocinio sn a stretto cntatto cn bioinformatici e mi capita spesso di scambiare pareri cn loro,qndi cerco di interessarmi anche della lora materia, per capirli meglio
Nn ho cpt le ESTs cosa contengono! Io sapevo solo che sn DB di sequenze espresse e qndi hanno sequenza uguale al msgero!(pochino sapevo...)
SE ho cpt bene, sn porzioni di mRNA...nn mRNA interi! Ma in base a cosa si sceglie la parte di un msgero da equnziare di una genoteca, Visto che sarebbe costoso sequenziarli tutti e per intero?! Ammesso che si scelga la porzione da sequenziare e che nn sia random...
Non so illuminatemi se potete
In ogni caso la loro utilità è limitata qndi: si deve sperare che alemno siano a cavallo tra 2 esoni (così permette di vedere qle seq corrisponde a introne, qnto è lunga....)
Spero di nn aver fatto solo confusione  grazie in anticipo per la risp |
Ascoltami con gli occhi... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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Gst
Utente Junior
Prov.: Roma
Città: Ariccia
143 Messaggi |
Inserito il - 28 aprile 2007 : 15:39:33
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Grazie 1000 chick....tutto molto più chiaro grazie alla pag dell' NCBI
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Ascoltami con gli occhi... |
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